РАЗРАБОТКА И ОЦЕНКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ РНК ВИРУСА КРЫМСКОЙ-КОНГО ГЕМОРРАГИЧЕСКОЙ ЛИХОРАДКИ МЕТОДОМ ПЕТЛЕВОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ С ОБРАТНОЙ ТРАНСКРИПЦИЕЙ

Аннотация

B настоящей работе представлены результаты лабораторных испытаний набора реагентов для быстрого обнаружения РНК вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) методом петлевой изотермической амплификации с обратной транскрипцией (reverse transcription, loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP). Разработанный набор реагентов RT-LAMP был использован для идентификации вируса ККГЛ и показал чувствительность 103 ГЭ/мл вирусной РНК, что достаточно для ранней диагностики ККГЛ в начальном периоде заболевания. Набор показал высокую специфичность и отсутствие перекрёстной реактивности при тестировании с панелями вирусов из Государственной коллекции вирусов ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора (арбовирусами и возбудителями вирусных геморрагических лихорадок). Лабораторные испытания показали высокую аналитическую и диагностическую чувствительность, специфичность набора RT-LAMP для обнаружения РНК вируса ККГЛ, высокую скорость постановки анализа (60-70 мин с учетом пробоподготовки) в сравнении с ПЦР в реальном времени. Апробация полевого варианта набора показала возможность постановки реакции RT-LAMP и учёта результатов анализа без использования сложного оборудования.

Об авторах

Список литературы

Introduction to Crimean-Congo Haemorrhagic Fever. Available at: https://www.who.int/emergencies/diseases/crimean-congo-haemorrhagic-fever/introduction.pdf (update 27.06.2019)

Онищенко Г.Г., Куличенко А.Н., Малецкая О.В., Василенко Н.Ф., Манин Е.А., Волынкина А.С., Прислегина Д.А., Семенко О.В.. Крымская геморрагическая лихорадка. Воронеж: Фаворит; 2018

Shayan S., Bokaean M., Shahrivar M.R., Chinikar S. Crimean-Congo Hemorrhagic Fever. Lab Med. 2015; 46(3):180-9.

Hawman D.W., Feldmann H. Recent advances in understanding Crimean-Congo hemorrhagic fever virus. F1000Res. 2018; 7. pii: F1000 Faculty Rev-1715. doi: 10.12688/f1000research.16189.1.

Петрова И.Д., Кононова Ю.В., Чаусов Е.В., Шестопалов А.М., Тишкова Ф.Х. Генетические варианты вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, циркулировавшие в 2009 г. в эндемичных районах южного Таджикистана. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013; 3: 29-36

Conger N.G., Paolino K.M., Osborn E.C., Rusnak J.M., Günther S., Pool J. et al. Health care response to CCHF in US soldier and nosocomial transmission to health care providers, Germany, 2009. Emerg. Infect. Dis. 2015; 21(1): 23-31.

Wölfel R., Paweska J.T., Petersen N., Grobbelaar A.A., Leman P.A., Hewson R. et al. Virus detection and monitoring of viral load in Crimean-Congo hemorrhagic fever virus patients. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(7):1097-100.

Papa A. Diagnostic approaches for Crimean-Congo hemorrhagic fever virus. Expert Rev. Mol. Diagn. 2019; doi: 10.1080/14737159.2019.1615450.

Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000. 28(12):E63.

Wong Y.P., Othman S., Lau Y.L., Radu S., Chee H.Y. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a versatile technique for detection of micro-organisms. J. Appl. Microbiol. 2018; 124(3): 626-43.

Lamb L.E., Bartolone S.N., Tree M.O., Conway M.J., Rossignol J., Smith C.P. et al. Rapid Detection of Zika Virus in Urine Samples and Infected Mosquitos by Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification. Sci. Rep. 2018; 8(1): 3803.

Щит И.Ю., Игнатов К.Б., Кудрявцева Т.Ю., Шишкова Н.А., Миронова Р.И., Маринин Л.И. и др. Использование петлевой изотермической амплификации ДНК для выявления и идентификации сибиреязвенного микроба. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017; 35(2): 69-76.

Щит И.Ю., Игнатов К.Б., Бикетов С.Ф. Сравнительный анализ методов LAMP и ПЦР-РВ для обнаружения возбудителей сапа и мелиоидоза. Клиническая лабораторная диагностика. 2018; 63(6): 378-84.

Тронин А.В., Келин Л.В., Рябова А.А. Диагностика вируса мешотчатого расплода методом ПЦР в полевых условиях. Пчеловодство. 2018; 9: 26-8.

Dedkov V.G., Shchelkanov M.Y., Bushkieva B.T., Rudenko T.A., Kurdyukova O.V., Galkina I.V. et al. A neonatal death associated with Crimean-Congo hemorrhagic fever (Republic of Kalmykia, Russia, June 2016). Antiviral Res. 2017; 146:146-8.

Wang X., Zhang Q., Zhang F., Ma F., Zheng W., Zhao Z. et al. Visual detection of the human metapneumovirus using reverse transcription loop-mediated isothermal amplification with hydroxynaphthol blue dye. Virol. J. 2012; 9:138.

Spengler J.R., Bergeron É., Spiropoulou C.F. Crimean-Congo hemorrhagic fever and expansion from endemic regions. Curr. Opin. Virol. 2019; 34:70-8.

Bente D.A., Forrester N.L., Watts D.M., McAuley A.J., Whitehouse C.A., Bray M. Crimean-Congo hemorrhagic fever: history, epidemiology, pathogenesis, clinical syndrome and genetic diversity. Antiviral Res. 2013; 100(1):159-89.

Osman H.A., Eltom K.H., Musa N.O., Bilal N.M., Elbashir M.I., Aradaib I.E. Development and evaluation of loop-mediated isothermal amplification assay for detection of Crimean Congo hemorrhagic fever virus in Sudan. J. Virol. Methods. 2013; 190(1-2): 4-10.

Hasanoglu I., Guner R., Carhan A., K. Tufan Z., Y. Caglayik D., Yilmaz G.R. et al. Dynamics of viral load in Crimean Congo hemorrhagic fever. J. Med. Virol. 2018; 90(4): 639-43.

Kurosaki Y., Magassouba N., Bah H.A., Soropogui B., Doré A., Kourouma F. et al. Deployment of a Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Test for Ebola Virus Surveillance in Remote Areas in Guinea. J. Infect Dis. 2016; 214(suppl. 3):S229-S233.

Ключевые слова