Аннотация
Исследовано 267 штаммов Neisseria gonorrhoeae, полученных в 2016 г. из 16-ти регионов Российской Федерации, включая Южный, Центральный, Северо-Западный, Приволжский, Уральский, Сибирский федеральные округа. Все микроорганизмы идентифицированы по биохимическому профилюна анализаторе Vitek 2 Compact. Альтернативным методом идентификации N. gonorrhoeaeбыла матричная лазерная десорбционно-ионизационная времяпролетная масс-спектрометрия (MALDI-ToFMS). В 49,1% исследований (131 штамм) биохимическое типирование (БТ) выявило атипичный ферментативный профиль, не свойственный N. gonorrhoeae (утрата ферментации D-глюкозы, редуцирование специфических ферментов: ProA, TyrA, APPA), в результате 39 штаммов (14,6%) отнесены к другим видам микроорганизмов. Дополнительное биохимическое типирование позволило снизить процент ошибки почти в пять раз (с 14,6 до 3%), но верификации всех штаммов, как N. gonorrhoeae не получено. Верификация на масс-спектрометре установила 100% принадлежность микроорганизмов к N. gonorrhoeae. Выявленный биохимический атипизм N. gonorrhoeae, представленный утратой ряда таксономически значимых характеристик, определяет необходимость комплексного подхода к идентификации, включающего, наряду с БТ, протеомные (масс-спектрометрия) и/или геномные (ПЦР) исследования.
Список литературы
Newman L., Rowley J., Vander Hoorn S., Wijesooriya N.S., Unemo M., Low N., et al. Global Estimates of the Prevalence and Incidence of Four Curable Sexually Transmitted Infections in 2012 Based on Systematic Review and Global Reporting. PLoS ONE. 2015; 10: e0143304
Кубанов А.А., Богданова Е.В. Организация и результаты оказания медицинской помощи по профилю «дерматовенерология» в Российской Федерации. Итоги 2018 года. Вестник дерматологии и венерологии. 2019;95(4):8-23.
Данные с сайта Всемирной организации Здравоохранения. Availableat: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/250268/WHO-RHR-16.09-rus.pdf;jsessionid=A75DD7808D598272F0DAFD5F12FE0F58?sequence=1(дата обращения: декабрь 2019 г.)
Kubanova A., Kubanov A., Frigo N., Solomka V., Semina V., Vorobyev D. et al. Russian gonococcal antimicrobial susceptibility programme (RU-GASP) — resistance in Neisseria gonorrhoeae during 2009-2012 and NG-MAST genotypes in 2011 and 2012. BMC Infectious Diseases. 2014; 14:342.
Kubanov A., Vorobyev D., Chestkov A., Leinsoo A., Shaskolskiy B., Dementieva E. et al. Molecular epidemiology of drug-resistant Neisseria gonorrhoeae in Russia (Current Status, 2015). BMC Infectious Diseases. 2016; 16:389.
Kubanov A., Solomka V., Plakhova X., Chestkov A., Petrova N., Shaskolskiy B. et al. Summary and Trends of the Russian Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme, 2005 to 2016. J. Clin. Microbiol. 2019; 57: 6.
Kweon O.J., Choi J.H., Song U.H., Park A.J. Performance evaluation of a DNA chip assay in the identification of major genitourinary pathogens. J. Microbiol. Methods. 2015; 109: 117-122.
Кубанов А.А., Барышков К.В., Честков А.В., Шаскольский Б.Л., Грядунов Д.А., Дерябин Д.Г. Генотипическое разнообразие популяции Neisseria gonorrhoeae в Архангельске (Россия): механизмы формирования и связь с устойчивостью к антимикробным препаратам. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018; 3: 43-8
Bizzini А., Greub, G. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, a revolution in clinical microbial identification. Clin. Microbiol. Infect. 2010; 16: 1614-9.
Tan K.E., Ellis B.C., Lee R., Stamper P.D., Zhang S.X., Carroll K.C. Prospective evaluation of a matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system in a hospital clinical microbiology laboratory for identification of bacteria and yeasts: a bench-by-bench study for assessing the impact on time to identification and cost-effectiveness. J. Clin. Microbiol. 2012; 50: 3301-8.
Ilina E.N., Borovskaya A.D., Malakhova M.M., Vereshchagin V.A., Kubanova A.A., Kruglov A.N. Direct bacterial profiling by matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry for identification of pathogenic Neisseria. J. Mol. Diagn. 2009; 11: 75-86.
Buchanan R., Ball D., Dolphin H., Dave J. Matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry for the identification of Neisseria gonorrhoeae. Clin. Microbiol. Infect. 2016; 22(9): 815.
Garrity G. M. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. The Proteobacteria. New York: Springer; 2001: 1388.
Поздеев О.К. Медицинская микробиология. М.: Гэотар-Медиа; 2005.
Данные с сайта технической библиотеки Биомерье. Availableat: https://www.mybiomerieux.com/web/guest/login(дата обращения: декабрь 2019 г.)
Tsuruoka N., Uzawa Y., Kikuchi K., Ohtsuka H., TodomeY., Ohkuni H. Evaluation of the GonoGen II kit for rapid identification of Neisseria gonorrhoeae using monoclonal antibody directed at gonococcal outer membrane protein 1. Kansenshogaku Zasshi. 2008; 82 : 317-21.
Dillon J.R., Carballo M., Pauzé M. Evaluation of eight methods for identification of pathogenic Neisseria species: Neisseria-Kwik, RIM-N, Gonobio-Test, Minitek, GonochekII,GonoGen, Phadebact Monoclonal GC OMNI Test, and Syva MicroTrak Test. J. Clin. Microbiol. 1988; 26: 493-7.
Alexander S., Ison C. Evaluation of commercial kits for the identification of Neisseria gonorrhoeae. J. Med. Microbiol. 2005; 54: 827-31.
Technical librarybioMérieux. Available at: https://www.mybiomerieux.com/web/guest/login(Reference date: December 2019)
Alexander S., Martin I.M., Fenton K., Ison C.A. The prevalence of proline iminopeptidase negative Neisseria gonorrhoeae throughout England and Wales. Sex Transm. Infect. 2006;82:280-2.
D’Amato R.F., Erique L.A., Tomfohrde K.M., Singerman E. Rapid identification of Neisseria gonorrhoeae and Neisseria meningtidis by using enzymatic profiles. J. Clin. Microbiol. 1978;77:77-81.
Dealler S.F., Gough K. R., Campbell L., Turner A., Hawkey P. M. Identification of Neisseria gonorrhoeae using the Neisstrip rapid enzyme detection test. J. Clin. Path. 1991;44:376-9.
Blackmore T., Hererra G., Shi S., Bridgewater P., Wheeler L., Byrne J. Characterization of prolyl iminopeptidase-deficient Neisseria gonorrhoeae. J. Clin. Microbiol. 2005; 43: 4189-90.
Otero L., Alvarez-Argüelles M., Villar H., Díaz-Gigante J., Carreño F., Vázquez F.et al. The prevalence of Neisseria gonorrhoeae negative for proline iminopeptidase in Asturias, Spain. Sex Transm Infect. 2007;83(1):76.
Morse S.A., BartensteinL. Factors affecting autolysis of Neisseria gonorrhoeae. Proc. Soc. Exp.Biol.Med. 1974; 145:1418-21.
Spence J.M., Wright L., Clark V.L. Laboratory maintenance of Neisseria gonorrhoeae. Curr.Protoc. Microbiol. 2008; 4: 4.
Sönksen U.W., Christensen J.J., Nielsen L., Hesselbjerg A., Hansen D.S., Bruun B. Fastidious Gram-Negatives: Identification by the Vitek 2 Neisseria-Haemophilus Card and by Partial 16S rRNA Gene Sequencing Analysis. Open Microbiol. J. 2010; 31(4):123-31.
Seib K.L.,Wu H. J., Kidd S. P., Apicella M. A., Jennings M. P., McEwan A. G.Defenses against oxidative stress in Neisseria gonorrhoeae: a system tailored for a challenging environment. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006;70(2):344-61.