Аннотация
Исследования последних лет свидетельствуют, что резистентность бактерий существовала задолго до того, как антимикробные препараты (АМП) стали применять в клинической практике, устойчивостью к АМП обладают не только патогенные микроорганизмы. Изучены 511 штаммов E. coli, выделенные из микробиоты кишечника детей в возрасте от 1 мес до 17 лет, проживающих в Санкт-Петербурге: определена чувствительность штаммов к 15 АМП диско-диффузионным методом, чувствительность к 6 коммерческим бактериофагам производства НПО «Микроген». Методом мультиплексной ПЦР проведён поиск генов, кодирующих b-лактамазы молекулярных классов ТЕМ, SHV, OXA, СТХ-М. 39,3% штаммов характеризовались устойчивостью к 1 и более классам АМП. Доля полирезистентных (устойчивых к 3 и более классам АМП) составляла 16,6%. Полирезистентны к клинически значимым группам АМП (цефалоспорины расширенного спектра (ЦРС) + фторхинолоны + аминогликозиды) 0,8% штаммов. Устойчивость к аминопенициллинам выявлена у 29,5% штаммов, ЦРС — 11,2%, фторхинолонам — 13,3%, тетрациклину — 20%, хлорамфениколу — 9,8%, аминогликозидам — 2,5%. Резистентность к b-лактамам обусловлена продукцией b-лактамаз: к ампициллину — молекулярного семейства ТЕМ (81,9%), ЦРС — молекулярного семейства CTX-M (87,7%) групп CTX-M1 (66%) и CTX-M9 (34%). 43,5% полирезистентных штаммов E. coli чувствительны как минимум к одному из 6 коммерческих бактериофагов. Исследование показало, что микробиота кишечника детей является важным резервуаром штаммов E. coli, обладающих резистентностью (в т. ч. множественной) к АМП различных классов. Терапия бактериофагами является альтернативным методом эрадикации устойчивых к антибиотикам штаммов E. coli.
Список литературы
Central Asian and Eastern European surveillance of antimicrobial resistance. Annual report 2017. Copenhagen: World Health Organization Regional Office for Europe; 2017. Available at: https://www.euro.who.int/__data/assets/pdf_file/0005/354434/WHO_CAESAR_AnnualReport_2017.pdf.
Canadian Integrated Program for Antimicrobial Resistance Surveillance (CIPARS) Annual Report 2013. Ontario: Public Health Agency of Canada; 2015. Available at: https://www.canada.ca/en/public-health/services/surveillance/canadian-integrated-program-antimicrobial-resistance-surveillance-cipars/cipars-reports.html.
The European Union summary report on antimicrobial resistance in zoonotic and indicator bacteria from humans, animals and food in 2017. European Food Safety Authority Journal. 2019; 17(2): 5598. Doi: 10.2903/j.efsa.2019.5598.
CDC. National Antimicrobial Resistance Monitoring System (NARMS) Now: Human Data. Atlanta: Department of Health and Human Services; 2019. Available at: https://www.cdc.gov/narmsnow.
Global antimicrobial resistance surveillance system: manual for early implementation. Geneva: World Health Organization; 2017. Available at: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/188783/9789241549400_eng.pdf.
Escobar-Páramo P., Le Menac’h A., Le Gall T., Amorin C., Gouriou S., Picard B. et al. Identification of forces shaping the commensal Escherichia coli genetic structure by comparing animal and human isolates. Environmental Microbiology. 2006; 8:1975-84. Doi:10.1111/j.1462-2920.2006.01077.x.
Hansen S., Messer T., Mittelstet A., Berry E. D., Bartelt-Hunt S., Abimbola O. Escherichia coli concentrations in waters of a reservoir system impacted by cattle and migratory waterfowl. Science of The Total Environment. 2020; 705: 135607. Doi:10.1016/j.scitotenv.2019.135607.
Dusek N., Hewitt A. J., Schmidt K. N., Bergholz, P. W. Landscape-Scale Factors Affecting the Prevalence of Escherichia coli in Surface Soil Include Land Cover Type, Edge Interactions, and Soil pH. Applied and environmental microbiology. 2018; 84 (10): e02714-17. Doi:10.1128/AEM.02714-17.
Kaper J. B., Nataro J. P., Mobley H. L. Pathogenic Escherichia coli. Nature Reviews Microbiology. 2004; 2: 123-40. Doi: 10.1038/nrmicro818.
Vila J., Sáez-López E., Johnson J. R., Römling U., Dobrindt U., Cantón R. et al. Escherichia coli: an old friend with new tidings. FEMS microbiology reviews. 2016; 40 (4): 437-63. Doi:10.1093/femsre/fuw005.
Sommer M., Dantas G., Church G. M. Functional characterization of the antibiotic resistance reservoir in the human microflora. Science (New York, N.Y.). 2009; 325(5944): 1128-31. Doi: 10.1126/science.1176950.
Lerner A., Matthias T., Aminov R. Potential effects of horizontal gene exchange in the human gut. Frontiers in immunology. 2017; 8: 1630. Doi: 10.3389/fimmu.2017.01630.
Antibacterial agents in preclinical development: an open access database. Geneva: World Health Organization; 2019. Available at: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330290/WHO-EMP-IAU-2019.12-eng.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
Sabino J., Hirten R. P., Colombel J. F. Review article: bacteriophages in gastroenterology — from biology to clinical applications. Alimentary pharmacology & therapeutics. 2020; 51: 53-63. Doi: 10.1111/apt.15557.
Dallenne C., Costa A.D., Decré D., Favier C., Arlet G. Development of a set of multiplex PCR assays for the detection of genes encoding important β-lactamases in Enterobacteriaceae. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2010; 65 (3): 490-5. Doi: 10.1093/jac/dkp498.
Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и др. Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «Дармис-2018». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(2):134-46. https://elibrary.ru/download/elibrary_41179883_46071908.pdf.
Гончар Н.В., Партина И.В., Ныркова О.И., Драп А.С. Антибиотико- и фагорезистентность клинических штаммов кишечной палочки у госпитализированных детей Санкт-Петербурга, больных эшерихиозами. Антибиотики и химиотерапия. 2014; 59 (9-10): 38-43.
Ahmed S. F., Ali M. M., Mohamed Z. K., Moussa T. A., Klena J. D. Fecal carriage of extended-spectrum β-lactamases and AmpC-producing Escherichia coli in a Libyan community. Annals of clinical microbiology and antimicrobials. 2014; 13:22. Doi: 10.1186/1476-0711-13-22.
Huang I. F., Lee W. Y., Wang J. L., Hung C. H., Hu H. H., Hung W. Y. et al. Fecal carriage of multidrug-resistant Escherichia coli by community children in southern Taiwan. BMC gastroenterology. 2018; 18(1): 86. Doi: 10.1186/s12876-018-0807-x.
Dyar O. J., Hoa N. Q., Trung N. V., Phuc H. D., Larsson M., Chuc N. T. et al. High prevalence of antibiotic resistance in commensal Escherichia coli among children in rural Vietnam. BMC infectious diseases. 2012; 12: 92. Doi: 10.1186/1471-2334-12-92.
Gupta M., Didwal G., Bansal S., Kaushal K., Batra N., Gautam V. et al. Antibiotic-resistant Enterobacteriaceae in healthy gut flora: A report from north Indian semiurban community. The Indian journal of medical research. 2019; 149 (2): 276-80. Doi: 10.4103/ijmr.IJMR_207_18.
Valenza G., Nickel S., Pfeifer Y., Eller C., Krupa E., Lehner-Reindl V. et al. Extended-spectrum-β-lactamase-producing Escherichia coli as intestinal colonizers in the German community. Antimicrobial agents and chemotherapy. 2014; 58 (2): 1228-30. Doi: 10.1128/AAC.01993-13.
Holstiege J., Schink T., Molokhia M. Mazzaglia G., Innocenti F., Oteri A. et al. Systemic antibiotic prescribing to paediatric outpatients in 5 European countries: a population-based cohort study. BMC Pediatrics. 2014; 14: 174. Doi:10.1186/1471-2431-14-174.
Boeckel T. V., Gandra S., Ashok A., Caudron Q., Grenfell B., Levin S. et al. Global antibiotic consumption 2000 to 2010: an analysis of national pharmaceutical sales data. The Lancet Infectious Diseases. 2014; 14 (8): 742-50. Doi: 10.1016/S1473-3099(14)70780-7.
Auta A., Hadi M. A., Oga E., Adewuyi E. O., Abdu-Aguye S. N., Adeloye D. et al. Global access to antibiotics without prescription in community pharmacies: A systematic review and meta-analysis. Journal of Infection. 2019; 78 (1): 8-18. Doi: 10.1016/j.jinf.2018.07.001.
Егоров А.М., Уляшова М.М., Рубцова М.Ю. Бактериальные ферменты и резистентность к антибиотикам. Acta Naturae (русскоязычная версия). 2018; 10(4): 33-48. https://www.elibrary.ru/download/elibrary_36916320_74780557.pdf.
Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Иванчик Н.В., Склеенова Е.Ю., Шайдуллина Э. Р., Азизов И. С. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН 2015-2016. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21(2):147-59. https://elibrary.ru/download/elibrary_41179884_63500344.pdf.
Karanika S., Karantanos T., Arvanitis M., Grigoras C., Mylonakis E. Fecal colonization with extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae and risk factors among healthy individuals: a systematic review and metaanalysis. Clinical Infectious Diseases. 2016; 63(3): 310-8. Doi: 10.1093/cid/ciw283.
Kawamura K., Nagano N., Suzuki M., Wachino J. I., Kimura K., Arakawa Y. ESBL-producing Escherichia coli and its rapid rise among healthy people. Food safety (Tokyo, Japan). 2017; 5(4): 122-50. Doi:10.14252/foodsafetyfscj.2017011.
Bartoloni A., Pallecchi L., Benedetti M., Fernandez C., Vallejos Y., Guzman E. et al. Multidrug-resistant commensal Escherichia coli in children, Peru and Bolivia. Emerging infectious diseases. 2006; 12 (6): 907-13. Doi: 10.3201/eid1206.051258.
Онищенко Г.Г., Шевелёва С.А., Хотимченко С.А. Гигиеническое обоснование допустимых уровней антибиотиков тетрациклиновой группы в пищевой продукции. Гигиена и санитария. 2012; 91 (6): 4-14. https://www.elibrary.ru/download/elibrary_18846289_70501382.pdf.
Поляк М.С. Антибиотикотерапия. Теория и практика. СПб.: ИнформМед; 2010.
Bourdin G., Navarro A., Sarker S. A., Pittet A. C., Qadri F., Sultana S. et al. Coverage of diarrhoea-associated Escherichia coli isolates from different origins with two types of phage cocktails. Microbial biotechnology. 2014; 7(2): 165-76. Doi: 10.1111/1751-7915.12113.
Ujmajuridze A., Chanishvili N., Goderdzishvili M., Leitner L., Mehnert U., Chkhotua A. et al. Adapted bacteriophages for treating urinary tract infections. Frontiers in microbiology. 2018; 9: 1832. Doi: 10.3389/fmicb.2018.01832.