Аннотация
Для прогностической оценки прогрессирования заболевания при хроническом вирусном гепатите, в том числе развития гепатоцеллюлярной карциномы, разработан способ параллельного определения уровня относительной экспрессии гена человека
IFNAR-1 и его полиморфизма. Использованы биоптаты и/или образцы цельной крови, полученные от 659 пациентов с хроническими вирусными гепатитами с различной тяжестью течения и уровнем развития заболевания, в том числе лица без
тяжёлой патологии печени, больные с установленными диагнозами ГЦК, острая печёночная недостаточность, развившаяся на фоне хронической. В качестве контрольной группы обследовали 319 условно здоровых лиц без заболеваний печения и
вирусных гепатитов в анамнезе. В ходе работы получали кДНК, определяли уровень экспрессии целевого гена IFNAR-1 и двух
эталонных нормировочных генов «домашнего хозяйства» HPRT и RPP30 методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной
детекцией в режиме «реального времени». Относительный уровень экспрессии целевого гена IFNAR-1 определяли с использованием метода ΔΔCT путём пересчёта полученных в ходе работы значений на калибровочных графиках с использованием в
качестве калибраторов серии последовательных разведений контрольного образца. Дополнительно осуществляли амплификацию в двух ёмкостях фрагментов транскрипта гена IFNAR-1 с последующим секвенированием по Сэнгеру, совместно составляющих фрагмент протяжённостью 6157 нт. Разработанный метод расширяет арсенала способов, предназначенных
для оценки на доклиническом этапе генетической предрасположенности человека к развитию гепатоцеллюлярной карциномы при вирусном гепатите, и может быть использован для фундаментальных исследований, посвящённых оценке значимости конкретных мутаций в развитии заболевания и пониманию механизма канцерогенеза.
Annotation
For prognostic assessment of disease progression in chronic viral hepatitis, including the development of hepatocellular carcinoma,
a method was developed for parallel determination of the level expression IFNAR-1 gene and its polymorphism. The work used
biopsies and/or whole blood samples obtained from 659 patients with chronic viral hepatitis with varying severity and level of disease
development, including persons without severe liver pathology, patients with established diagnoses of HCC, acute liver failure that
developed in background of chronic. As a control group, 319 apparently healthy people without a history of liver disease or viral
hepatitis were examined. During the work, cDNA was obtained, the expression level of the target gene IFNAR-1 and two reference
normalizing housekeeping genes HPRT and RPP30 was determined using PCR with hybridization-fluorescence detection in real time.
The relative expression level of the target gene IFNAR-1 was determined using the ΔΔCT method by recalculating the values obtained
during the work on calibration graphs using a series of serial dilutions control sample as calibrators. Additionally, amplification of
IFNAR-1 gene transcript fragments was carried out in two containers, followed by Sanger sequencing, which together constituted a
fragment of 6157 nt in length. The developed method expands the arsenal of methods designed to assess, at the preclinical stage, a
person’s genetic predisposition to the development of hepatocellular carcinoma in viral hepatitis, and can be used for fundamental
research aimed at assessing the significance of specific mutations in the development of the disease and understanding the mechanism
of carcinogenesis
Список литературы
Л И Т Е РАТ У РА ( п п. 4 , 7 — 1 3 , 1 8 — 2 6 , 28-3 4 с м. REFERENCES )
1. Останкова Ю.В., Семенов А.В., Зуева Е.Б., Тотолян А.А. Распространенность оккультного гепатита B среди HBsAg-негативных
лиц с ВИЧ в Великом Новгороде. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2019; 11(1): 64-70. DOI: 10.22328/2077-9828-2019-11-1-64-70.
2. Ануфриева Е.В., Серикова Е.Н., Останкова Ю.В., Щемелев А.Н.,
Давыденко В.С., Рейнгардт Д.Э. и др. Структура распределения
маркеров некоторых гемоконтактных инфекций среди лиц из пенитенциарных учреждений. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.
2023; 15(3): 97–106. DOI: 10.22328/2077-9828-2023-15-3-95-104.
3. Останкова Ю.В., Серикова Е.Н., Семенов А.В., Банцевич М.Д.,
Филипович-Вигньевич С.Б., Зуева Е.Б. и др. Характеристика связанных с HBsAg-негативной формой заболевания мутаций вируса
гепатита В у пациентов гемодиализных центров. Проблемы особо
опасных инфекций. 2021; 4: 96–104. DOI: 10.21055/0370-1069-
2021-4-96-104.
5. Останкова Ю.В., Серикова Е.Н., Ширшова Н.Ю., Кусевицкая М.Б.,
Горская О.А., Басина В.В. и др. Распространенность скрытой формы хронического гепатита В у доноров крови в Санкт-Петербурге.
Инфекция и иммунитет. 2023; 13(6): 1129-40. DOI: 10.15789/2220-
7619-POO-14480.
6. Балде T.A.Л., Бумбали С., Серикова Е.Н., Валутите Д.Э., Щемелев
А.Н., Останкова Ю.В. и др. Сравнительный анализ вертикального
риска передачи некоторых гемоконтактных инфекций в Гвинейской Республике. Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 1:87–
94. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-87-94.
14. Семенов А.В., Останкова Ю.В., Файзуллаев Х.Н., Казакова Е.И.,
Козлов А.В., Мусабаев Э.И. и др. Кольцевая ковалентно замкнутая
ДНК ВГВ как маркер распространенности оккультного гепатита В
у пациентов с ВГВ, BГD И ВГС инфекцией в Узбекистане. Журнал
микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 93(5): 43-
9. DOI: 10.36233/0372-9311-2016-5-43-49.
15. Останкова Ю.В., Семёнов А.В., Зуева Е.Б., Ногойбаева К.А., Касымбекова К.Т., Тобокалова С.Т. и др. Распространённость клинически значимых мутаций вируса у больных хроническим вирусным гепатитом B. Клиническая лабораторная диагностика. 2020;
65(1): 61-6. DOI: 10.18821/0869-2084-2020-65-1-61-66.
16. Валутите Д.Э., Семенов А.В., Останкова Ю.В., Козлов К.В., Борисов А.Г., Назаров В.Д. и др. Выявление мутаций лекарственной
устойчивости вируса гепатита С у пациентов с неэффективной терапией препаратами прямого противовирусного действия. Журнал
микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98(1): 18-
27. DOI: 10.36233/0372-9311-47.
17. Рейнгардт Д.Э., Останкова Ю.В., Лялина Л.В., Ануфриева Е.В.,
Семенов А.В., Тотолян А.А. Распространенность мутаций лекарственной устойчивости вируса гепатита С среди пациентов с
рецидивом заболевания на терапии препаратами прямого противовирусного действия. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023;
15(4):86-93. DOI: 10.22328/2077-9828-2023-15-4-86-93.
27. Сайтгалина М.А., Останкова Ю.В., Любимова Н.Е., Семенов А.В.,
Кузнецова Р.Н., Тотолян А.А. Модифицированный метод количественного определения уровней TREC и KREC в периферической
крови у больных с иммунодефицитными состояниями. Инфекция
и иммунитет. 2022; 12(5): 981-96. DOI: 10.15789/2220-7619-
MMF-2039.
REFEREN С E S
1. Ostankova Yu.V., Semenov A.V., Zueva E.B., Totolian A.A. The
prevalence of occult hepatitis B among HBsAg-negative persons with
HIV in Veliky Novgorod. VICH- infektsiya i immunosupressii. 2019;
11(1):64-70. DOI: 10.22328/2077-9828-2019-11-1-64-70. (in Russian)
2. Anufrieva E.V., Serikova E.N., Ostankova Yu.V., Shchemelev
A.N., Davydenko V.S., Reingardt D.E. et al. The structure of some
blood-borne infections distribution among persons from penitentiary
institutions the markers. VICH infektsiya i immunosupressii. 2023;
15(3): 95-104. DOI: 10.22328/2077-9828-2023-15-3-95-104. (in
Russian)
3. Ostankova Yu.V., Serikova E.N., Semenov A.V., Bancevic M.D.,
Filipovic-Vignjevic S.B., Zueva E.B. et al. Profile of Hepatitis B Virus
Mutations Associated with HBsAg-Negative Disease in Patients of
Hemodialysis Centers. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2021; (4):
96-104. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-4-96-104. (in Russian)
4. Ostankova Yu.V., Shchemelev A.N., Boumbaly S., Balde T.A.L.,
Zueva E.B., Valutite D.E. et al. Prevalence of HIV and viral hepatitis
markers among healthcare workers in the Republic of Guinea.
Diagnostics. 2023; 13: 378. DOI: 10.3390/diagnostics13030378.
5. Ostankova Yu.V., Serikova E.N., Shirshova N.Yu., Kusevitskaya
M.B., Gorskaya O.A., Basina V.V. et al. Prevalence of occult hepatitis
B infection among blood donors in Saint Petersburg. Infektsiya I
immunitet. 2023; 13(6): 1129-40. DOI: 10.15789/2220-7619-POO14480. (in Russian)
6. Balde T., Boumbaly S., Serikova E.N., Valutite D.E., Shchemelev
A.N., Ostankova Yu.V. et al. Comparative analysis of the vertical risk
of transmission of some blood-borne infections in the Republic of
Guinea. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2021; (1):87-94. DOI:
10.21055/0370-1069-2021-1-87-94. (in Russian)
7. Hui R.W., Fung J. World Hepatitis Day 2023: Are we close to the
target? Indian J. Med. Res. 2023; 158(1):1-4. DOI: 10.4103/ijmr.
ijmr_1250_23.
8. Robinson A., Wong R., Gish R.G. Chronic hepatitis B virus and
hepatitis D virus: new developments. Clin. Liver. Dis. 2023; 27(1):
17-25. DOI: 10.1016/j.cld.2022.08.001.
9. Van Nguyen D., Van Nguyen C., Bonsall D., Ngo T.T., Carrique-Mas
J., Pham A.H. et al. Detection and characterization of homologues
of human hepatitis viruses and pegiviruses in rodents and bats in
Vietnam. Viruses. 2018; 10(3):102. DOI: 10.3390/v10030102.
10. Ganesan P., Kulik L.M. Hepatocellular Carcinoma: New
Developments. Clin. Liver. Dis. 2023; 27(1): 85-102. DOI:
10.1016/j.cld.2022.08.004.
11. Li Q., Chen K., Huang W., Ma H., Zhao X., Zhang J. et al. Minimally
invasive photothermal ablation assisted by laparoscopy as an effective
preoperative neoadjuvant treatment for orthotopic hepatocellular
carcinoma. Cancer Lett. 2021; 496: 169-178. DOI: 10.1016/j.
canlet.2020.09.024.
12. Qi S., Zhang Y., Liu G., Chen J., Li X., Zhu Q. et al. Plasmonicdoped melanin-mimic for CXCR4-targeted NIR-II photoacoustic
computed tomography-guided photothermal ablation of orthotopic
hepatocellular carcinoma. Acta Biomater. 2021; 129: 245-57. DOI:
10.1016/j.actbio.2021.05.034.
13. Fujiwara N., Kobayashi M., Fobar A.J., Hoshida A., Marquez
C.A., Koneru B. et al. A blood-based prognostic liver secretome
signature and long-term hepatocellular carcinoma risk in advanced
liver fibrosis. Med. (N Y). 2021; 2(7): 836-850.e10. DOI: 10.1016/j.
medj.2021.03.017.
14. Semenov A.V., Ostankova Y.V., Faizullaev K.N., Kazakova E.I., Kozlov A.V., Musabaev E.I. et al. HBV covalently closed circular DNA
as a marker of prevalence of occult hepatitis В in patients with HBV,
HDV and HCV infection in Uzbekistan. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2016; 93(5): 43-9. DOI: 10.36233/0372-
9311-2016-5-43-49. (in Russian)
15. Ostankova Y.V., Semenov A.V., Zueva E.B., Nogoybaeva K.A.,
Kasymbekova K.T., Tobokalova S.T. et al. The prevalence clinically
significant virus mutations among patients with chronic viral hepatitis B. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika. 2020; 65(1): 61-6.
DOI: 10.18821/0869-2084-2020-65-1-61-66. (in Russian)
16. Valutite D.E., Semenov A.V., Ostankova Yu.V., Kozlov K.V., Borisov
A.G., Nazarov V.D. et al. Detection of drug resistance mutations of
hepatitis C virus in patients with failure of the treatment with direct
acting antivirals. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2021; 98(1):18–27. DOI: 10.36233/0372-9311-47. (in Russian)
17. Reingardt D.E., Ostankova Yu.V., Lyalina L.V., Anufrieva E.V., Semenov A.V., Totolian A. A. Distribution of hepatitis С virus drug
resistance mutations among patients with recurrence of the disease
during therapy with direct antiviral drugs. VICH-infektsiya i immunosupressii. 2023; 15(4):86-93. DOI: 10.22328/2077-9828-2023-15-
4-86-93. (in Russian)
18. Wirth T.C., Manns M.P. The impact of the revolution in hepatitis C
treatment on hepatocellular carcinoma. Ann. Oncol. 2016; 27: 1467–
74. DOI: 10.1093/annonc/mdw219.
19. López-Rodríguez R., Hernández-Bartolomé Á., Borque M.J., Rodríguez-Muñoz Y., Martín-Vílchez S., García-Buey L. et al. Interferonrelated genetic markers of necroinflammatory activity in chronic hepatitis C. PLoS One. 2017; 12(7): e0180927. DOI: 10.1371/journal.
pone.0180927.
20. Karamitros T., Papatheodoridis G., Paraskevis D., Hatzakis A., Mbisa
J.L., Georgopoulou U. et al. Impact of interferon-α receptor-1 promoter polymorphisms on the transcriptome of the hepatitis B virusassociated hepatocellular carcinoma. Front. Immunol. 2018; 9: 777.
DOI: 10.3389/fimmu.2018.00777.
21. Bellodi-Privato M., Kubrusly M.S., Stefano J.T., Soares I.C., Wakamatsu A., Oliveira A.C. et al. Differential gene expression profiles of
hepatocellular carcinomas associated or not with viral infection. Braz.
J. Med. Biol. Res. 2009; 42(12): 1119-27. DOI: 10.1590/s0100-
879×2009005000037.
22. Rehman S.U., Rauf M., Abbas Z., Hamed M.H., Qadri I. Role of
Some Predominant Host Immunomodulators’ Single Nucleotide
Polymorphisms in Severity of Hepatitis B Virus and Hepatitis C Virus Infection. Viral. Immunol. 2016; 29(10): 536-45. DOI: 10.1089/
vim.2016.0062.
23. Livak K.J., Schmittgen T.D. Analysis of relative gene expression data
using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. Methods. 2001; 25(4): 402-8. DOI: 10.1006/meth.2001.1262.
24. Lalle E., Bordi L., Caglioti C., Garbuglia A.R., Castilletti C., Taibi
C. et al. IFN-Alpha receptor-1 upregulation in PBMC from HCV naïve patients carrying cc genotype. possible role of IFN-lambda. PLoS
One. 2014; 9(4): e93434. DOI: 10.1371/journal.pone.0093434.
25. Akbari M., Akhavan-Bahabadi M., Shafigh N., Taheriazam A., Hussen B.M., Sayad A. et al. Expression analysis of IFNAR1 and TYK2
transcripts in COVID-19 patients. Cytokine. 2022; 153: 155849.
DOI: 10.1016/j.cyto.2022.155849.
26. Dyavar S.R., Ye Z., Byrareddy S.N., Scarsi K.K., Winchester L.C.,
Weinhold J.A. et al. Normalization of cell associated antiretroviral
drug concentrations with a novel RPP30 droplet digital PCR assay.
Sci. Rep. 2018; 8(1): 3626. DOI: 10.1038/s41598-018-21882-0.
27. Saitgalina M.A., Ostankova Y.V., Liubimova N.E., Semenov A.V.,
Kuznetsova R.N., Totolian A.A. Modified quantitative approach for
assessing peripheral blood TREC and KREC levels in immunodeficient patients. Infektsiya I immunitet. 2022; 12(5): 981-96. DOI:
10.15789/2220-7619-MMF-2039. (in Russian)
28. Chen J., Xu W., Chen Y., Xie X., Zhang Y., Ma C. et al. Matrix
metalloproteinase 9 facilitates hepatitis B virus replication through
binding with type I interferon (IFN) receptor 1 to repress IFN/JAK/
STAT signaling. J. Virol. 2017; 91(8): e01824-16. DOI: 10.1128/JVI.01824-16.
29. Sedeño-Monge V., Santos-López G., Rocha-Gracia R.C., MeléndezMena D., Ramírez-Mata A., Vallejo-Ruiz V. et al. Quantitative analysis of interferon alpha receptor subunit 1 and suppressor of cytokine
signaling 1 gene transcription in blood cells of patients with chronic
hepatitis C. Virol. J. 2010; 7: 243. DOI: 10.1186/1743-422X-7-243.
30. Matveeva O.V., Chumakov P.M. Defects in interferon pathways as
potential biomarkers of sensitivity to oncolytic viruses. Rev. Med. Virol. 2018; 28(6): e2008. DOI: 10.1002/rmv.2008.
31. Zhang K.X., Matsui Y., Hadaschik B.A., Lee C., Jia W., Bell J.C. et
al. Down-regulation of type I interferon receptor sensitizes bladder
cancer cells to vesicular stomatitis virus-induced cell death. Int. J.
Cancer. 2010; 127(4): 830-8. DOI: 10.1002/ijc.25088.
32. Li Q., Tan F., Wang Y., Liu X., Kong X., Meng J. et al. The gamble
between oncolytic virus therapy and IFN. Front Immunol. 2022; 13:
971674. DOI: 10.3389/fimmu.2022.971674.
33. Quan Y., Yang J., Qin T., Hu Y. Associations between twelve common
gene polymorphisms and susceptibility to hepatocellular carcinoma:
evidence from a meta-analysis. World J. Surg. Oncol. 2019; 17(1):
216. DOI: 10.1186/s12957-019-1748-8.
34. Wang Z., Budhu A.S., Shen Y., Wong L.L., Hernandez B.Y., Tiirikainen M. et al. Genetic susceptibility to hepatocellular carcinoma in
chromosome 22q13.31, findings of a genome-wide association study.
JGH Open. 2021; 5(12): 1363-72. DOI: 10.1002/jgh3.12682.