Аннотация
В конце XX века произошла настоящая революция в области методов, которые могут быть использованы для идентификации возбудителей инфекций, в том числе бактерий. Наряду с культуральной диагностикой появился арсенал молекулярно-генетических методов, а также протеомный анализ, основанный на использовании физических технологий, к числу которых относится матрично-активированная лазерная дезорбционная/ионизационная времяпролетная масс-спектрометрия — MALDI-ToF MS. Мировой опыт применения MALDI-ToF MS для видовой идентификации микроорганизмов, выделенных из клинического материала, подтверждает высокую ценность метода, а потенциальная возможность проводить прямую индикацию бактерий в клиническом материале значительно сокращает сроки выполнения анализов и открывает новые ресурсы для использования в различных алгоритмах микробиологической диагностики.
Список литературы
Wilkins C.L., Lao J.O. Identification of Microorganism by Mass-Spectrometry. Hoboken: John Wiley and Sons Inc.; 2005.
Fenselau C., Anhalt J.P. Identification of bacteria using mass spectrometry. Anal. Chem. 1975; 47: 219-25.
Hillenkamp F., Karas M. Mass spectrometry of peptides and proteins by matrix-assisted ultraviolet laser desorption/ionization. Methods Enzymol. 1990; 193: 280-95.
Clark A.E., Kaleta E.J., Arora A., Wolk D.M. Matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry: a fundamental shift in the routine practice of clinical microbiology. Clin. Microbiol. Rev. 2013; 26(3): 547-603.
Reich M., Bosshard P.P., Stark M., Beyser K., Borgmann S. Species identification of bacteria and fungi from solid and liquid culture media by MALDI-TOF mass spectrometry. J. Bacteriol. Parasitol. 2013; 5: 4-8.
Ilina E.N. Direct Matrix — Assisted Laser Desortion-Ionisation (MALDI) Mass-Spectrometry bacteria profiling for identifying and characterizing pathogens. Acta Naturae. 2009; 1(1): 115-20.
Lay O.J. MALDI-TOF spectrometry of bacteria. Mass Spectrom. Rev. 2001; 20: 172-94.
El-Bouri K., Johnston S., Rees E., Thomas I., Bome-Mannathoko N., Jones C. et al. Comparison of bacterial identification by MALDI-TOF mass spectrometry and conventional diagnostic microbiology methods: agreement, speed and cost implications. Br. J. Biomed. Sci. 2012; 69(2): 47-55.
Лебедев А.Т., Артеменко К.А., Самгина Т.Ю. Основы масс-спектрометрии белков и пептидов. М.: Техносфера; 2012.
Yen-Peng H., Muralidhar Reddy P. Identification of pathogens by mass spectrometry. Clin. Chem. 2010; 56(4): 525-36.
Afonso C., Fenselau C. Use of bioactive glass slides for matrixassisted laser desorption/ionization analysis: application to microorganisms. Anal. Chem. 2003; 75: 694-7.
Ishida Y., Kitagawa K., Nakayama A., Ohtani H. Complementary analysis of lipids in whole bacteria cells by thermally assisted hydrolysis and methylation — GC and MALDI-MS combined with on-probe sample pretreatment. J. Anal. Appl. Pyrolysis. 2006; 77: 116-20.
Lancashire L., Schmid O., Shah H., Ball G. Classification of bacterial species from proteomic data using combinatorial approaches incorporating artificial neural networks, cluster analysis and principal components analysis. Bioinformatics. 2005; 21(10): 2191-9.
Schmid O., Ball G., Lancashire L., Culak R., Shah H. New approaches to identification of bacterial pathogens by surface enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry in concert with artificial neural networks, with special reference to Neisseria gonorrhoeae. J. Med. Microbiol. 2005; 54(12): 1205-11.
Alatoom A., Cunningham S.A., Ihde S.M., Mandrekar J., Patel R. Comparison of direct colony method versus extraction method for identification of gram-positive cocci by use of Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. J. Clin. Microbiol. 2011; 49(8): 868-73.
TeKippe M.E., Shuey S., Winkler D.W., Butler M.A., Burnham C.A. Optimizing identification of clinically relevant gram-positive organisms by use of the Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system. J. Clin. Microbiol. 2013; 51: 1421-7.
Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.В. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae. Вестник дерматологии и венерологии. 2006; (5): 25-9.
Saffert R.T., Cunningham S.A., Ihde S.M., Jobe K.E., Mandrekar J., Patel R. Comparison of Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometer to BD Phoenix automated microbiology system for identification of gram-negative bacilli. J. Clin. Microbiol. 2011; 49(3): 887-92.
Ford B.A., Burnham C.A. Optimization of routine identification of clinically relevant gram-negative bacteria by use of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and the Bruker Biotyper. J. Clin. Microbiol. 2013; 51(5): 1412-20.
Degand N., Carbonnelle E., Dauphin B., Beretti J.L., Le Bourgeois M., Sermet-Gaudelus I. et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of nonfermenting gram-patients. J. Clin. Microbiol. 2008; 46(10): 3361-7.
Rupf S., Breitung K., Schellenberger W., Merte K., Kneist S., Eschrich K. Differentiation of mutans streptococci by intact cell matrixassisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Oral Microbiol. Immunol. 2005; 20(5): 267-73.