ВЫЯВЛЕНИЕ ВЫСОКОТРАНСМИССИВНЫХ ГЕНОТИПОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ В КЛИНИЧЕСКОМ МАТЕРИАЛЕ ДЛЯ ПРОГНОЗА НЕБЛАГОПРИЯТНОГО ТЕЧЕНИЯ ТУБЕРКУЛёЗА

Аннотация

Проведён биоинформационный поиск, разработан дизайн праймеров и TaqMan зондов для выявления ДНК возбудителя туберкулеза субтипов CC1 и CC2-W148 генотипа Beijing, а также генотипа Ural в различном клиническом материале (мокрота, спинномозговая жидкость, плевральная жидкость и др.) методом ПЦР в реальном времени. На 180 клинических образцах от 143 больных туберкулёзом (ТБ) лёгких проведена апробация чувствительности и специфичности разработанных тестов относительно исследований на генетическом анализаторе GeneXpert. Чувствительность для тестов на CC1, CC2-W148 и Ural относительно ПЦР анализатора GeneXpert составила 91%, 106% и 81% соответственно. Специфичность во всех случаях составила 100%. Образцы, несущие ДНК СС2-W148 генотипа, в параллельных исследованиях чаще были значимо положительны на мутации устойчивости к рифампицину — Rif(+) по результатам GeneXpert (χ2 = 27,1; p < 0,01) относительно других генотипов. В то же время выявление СС2-W148 штамма у больного чаще сопровождалось расхождением результатов: GeneXpert - Rif(+) и устойчивости к рифампицину в бактериологическом исследовании при окончательной валидации множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) ТБ (χ2 = 5,1; p < 0,05). Исследовано негативное влияние комбинации аллеля -336G гена CD209 пациента с генотипом микобактерии туберкулёза (МБТ) Beijing, обнаруженное ранее (Ogarkov et al., 2012). Наблюдали значимое преобладание широкой лекарственной устойчивости (ШЛУ) (χ2 = 4,3; p < 0,05) у больных с аллелем -336G гена CD209 в комбинации с клоном CC2-W148 по сравнению с остальными сочетаниями у больных. Полученные результаты свидетельствуют о возможности использования генотипирования возбудителя ТБ и пациента для раннего прогноза развития МЛУ/ШЛУ ТБ и других осложнений на этапах первичного обследования впервые выявленных больных ТБ.

Об авторах

Список литературы

World Health Organization. Global tuberculosis report 2015. World Health Organization, Geneva; 2015.

Dheda K., Ruhwald M., Theron G., Peter J., Yam W.C. Point-of-care diagnosis of tuberculosis: past, present and future. Respirology. 2013;18(2): 217-32.

Васильева И.А., Эргешов А.Э. Федеральные клинические рекомендации по диагностике и лечению туберкулёза органов дыхания с множественной и широкой лекарственной устойчивостью возбудителя. Тверь: Триада; 2014.

Синьков В.В., Савилов Е.Д., Огарков О.Б. Реконструкция эпидемической истории «Пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2011; 3: 25-9.

Narvskaya O., Otten T., Limeschenko E., Sapozhnikova N., Graschenkova O., Steklova L. et al. Nosocomial outbreak of multidrug-resistant tuberculosis caused by a strain of Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family in St. Petersburg, Russia. Eur. J.Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2002; 21(8): 596-602.

Ribeiro S.C., Gomes L.L., Amaral E.P., Andrade M.R., Almeida F.M., Rezende A.L. et al. Mycobacterium tuberculosis strains of the modern sublineage of the Beijing family are more likely to display increased virulence than strains of the ancient sublineage. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(7): 2615-24.

Ogarkov O., Zhdanova S., Savilov E., Mokrousov I., Sinkov V., Antipina S. ‘Lethal’ combination of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population. Infection, Genetics and Evolution. 2012; 12(4): 732-6.

Merker M., Blin C., Mona S., Duforet-Frebourg N., Lecher S., Willery E. et al. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage. Nat. Genet. 2015; 47(3): 242-9.

Синьков В.В., Огарков О.Б., Мокроусов И.В., Жданова С.Н. Эволюционное значениене несинонимичных замен в геноме Mycobacterium tuberculosis генотипа Ural. Молекулярная медицина. 2016; 14(4): 44-50.

Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A., Otten T., Jiao W.W., Gomes L.L. et al. Russian «successful» clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(11): 3757-9.

Жданова С.Н., Огарков О.Б., Степаненко Л.А., Лац А.А., Синьков В.В., Унтанова Л.С. и др. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. 2011; 2: 194-7.

Жданова С.Н., Зоркальцева Е.Ю., Огарков О.Б., Воробьева О.А., Унтанова Л.С., Алексеева Г.И. и др. Характеристика лекарственно устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью молекулярно-генетических методов. Сибирский медицинский журнал. 2011; 105(6): 228-30.

Hanekom M., Streicher E.M., Van de Berg D., Cox H., McDermid C., Bosman M. et al. Population structure of mixed Mycobacterium tuberculosis infection is strain genotype and culture medium dependent. PLoS One. 2013; 8(7): e70178. doi: 10.1371/journal.pone.0070178.

Ключевые слова