Аннотация
Изучены 74 штамма E. coli, выделенных из проб испражнений (60) и мочи (14) пациентов, обследованных по клиническим показаниям. Молекулярные методы включали: ПЦР с электрофоретической детекцией генов, ассоциированных с диареегенными E. coli патогруппы EAgEC (aggR, aaf, aap, aatA, pet, ast, aai) и ExPEC патогруппы UPEC (pap, sfa, afa, kpsMT II, iutA, hlyA, cnf), MLST типирование, полногеномное секвенирование. Штаммы, выделенные из проб испражнений, значимо чаще (88,3%, p < 0,05) относились к типичным EAgECaggR+ по сравнению с атипичными EAgEC aggR-. В штаммах, выделенных из проб мочи, значимые различия между типичными и атипичными EAgEC не выявлены (p > 0,05). Гены, ассоциированные с ExPEC, присутствовали во всех штаммах, выделенных из проб мочи и в 45 штаммах (75%), выделенных из проб испражнений. Копроизоляты принадлежали к 10 серогруппам и 13 сероварам: О3:Н2, О11:Н10, О16:Н48, О51:Н30, О55:Н21, О73:Н18, О73:Н33, О86:Н2, О86:Н10, О92:Н33, О140:Н2, О159:Н10. Два штамма имели уникальные нуклеотидные последовательности генов, кодирующих О-антигены, которые отсутствовали в базе данных SerotypeFinder. 80% популяции российских EAgEC, выделенных из испражнений и мочи, характеризовались энтероаггрегативным/уропатогенным генотипом (EAgEC/UPEC). Большая часть штаммов, выделенных из мочи, относились к вирулентному клону высокого риска эпидемического распространения ST 38, ассоциированному с гибридными штаммами UPEC / EAgEC.
Список литературы
Jensen B. H., Olsen K. E. P., Struve C., Krogfelt K. A., Petersen A. M. Epidemiology and clinical manifestations of enteroaggregative Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 2014: 27; 614-30. Available at: doi: 10.1128/CMR.00112-13.
Gomes T.A.T., Elias W. P., Scaletsky I. C.A., Guth B. E.C., Rodrigues J. F., Piazza R. M.F. et al. Diarrheagenic Escherichia coli. Brazilian J. Microbiol. 2016; 47: 3-30. Available at: doi:10.1016/j.bjm.2016.10.015.
Gomez-Duarte O. Acute diarrheal disease caused by enteropathogenic Escherichia coli in Colombia. Rev. Chil. Infectol. 2014; 31(5):577-86. Available at: doi: 10.4067/S0716-10182014000500010.
Бондарева А.В., Горелов А.В., Подколзин А.Т., Николаева Т.А. Роль патогенных эшерихий в этиологической структуре острых кишечных инфекций у детей на современном этапе. Инфекционные болезни. 2012; 10 (1): 61.
Макарова М.А., Сужаева Л.В., Кафтырева Л.А. Дети раннего возраста с дисбиозом кишечника как носители энтероаггрегавивных Escherichia coli. Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунобиологии. 2017;4: 54-8.
Подколзин А.Т., Мухина А.А., Шипулин Г.А., Кузьмина В.Н., Браславская С.И., Малев В.В. и др. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы. Инфекционные болезни. 2004;2 (4): 85-91.
Соколова Е.Д., Галтаева А.М., Замурий О.Ю., Дидиченко О.В., Моколова Ю.В., Муратова В.А. и др. Полимеразная цепная реакция в диагностике острых кишечных инфекций в детском инфекционном стационаре: возможности и проблемы. Инфекция и иммунитет. 2016; 6 (3): 225-31.
Huang D.B., Nataro J.P., DuPont H.L. Enteroaggregative Escherichia coli is a cause of acute diarrheal illness: a meta-analysis. Clin. Infect. Dis. 2006; 43: 556-63. Available at: doi: 10.1086/505869.
Pabalan N., Singian E., Jarjanazi H., Steiner TS Enteroaggregative Escherichia coli and acute diarrhea in children: a meta-analysis of South Asian populations. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2013; 32: 597-607. Available at: 10.1007/s10096-012-1779-3.
Lima I.F.N., Boisen N., Quetz J.S., Havt A., Carvalho E., Soares A.M. et al. Prevalence of enteroaggregative Escherichia coli and its virulence-related genes in a case-control study among children from north-eastern Brazil. Med. Microbiol. 2013; 62: 683-93. Available at: doi:10.1099/jmm.0.054262-0.
Червинец В. М., Червинец Ю. В., Михайлова Е. С., Самоукина А. М., Беляева Е.А., Миронов А.Ю. Микробиоценоз кишечника и иммунный статус у детей младшего школьного возраста // Клиническая лабораторная диагностика. 2013;1:49-51
Nataro J.P., Kaper J.B. Diarrheagenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 1998; 11 (1):142 — 201. Available at: doi: 10.1128/CMR.11.1.142
Mariani-Kurkdjian P., Bingen E. Escherichia coli 0104:H4: a hybrid pathogen. Arch. Pediatr. 2012; 3: 97-100. Available at: doi: 10.1016/S0929-693X(12)71281-2.
Herzog K., Engeler Dusel J., Hugentobler M. Diarrheagenic enteroaggregative Escherichia coli causing urinary tract infection and bacteremia leading to sepsis. Infect. 2014; 42: 441-444. Available at: 10.1007/s15010-013-0569-x.
Nazemi A., Mirinargasi M., Merikhi N., Sharifi S.H. Distribution of pathogenic genes aatA, aap, aggR, among uropathogenic Escherichia coli (UPEC) and their linkage with stbA gene. Indian J Microbiol. 2011;51:355-358. Available at: doi:10.1007/s12088-011-0175-5.
Etefia E.U, Ben S.A. Virulence markers, phylogenetic evolution, and molecular techniques of uropathogenic Escherichia coli. J Nat Sci Med. 2020;3:13-22. Available at:https://www.jnsmonline.org/text.asp?2020/3/1/13/269240.
Sarowska J., Futoma-Koloch B., Jama-Kmiecik A., Frej-Madrzak M., Ksiazczyk M., Bugla-Ploskonska G. et al. Virulence factors, prevalence and potential transmission of extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from different sources: recent reports. Gut Pathog. 2019; 11:10. Available at: doi:10.1186/s13099-019-0290-0.
ВОЗ. Список бактерий, для борьбы с которыми требуется создание новых антибиотиков [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/ru/news-room/detail/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-witch-new-antibiotics-are-urgently -needed
Chattaway M. A., Jenkins C., Ciesielczuk H., Day M., DoNascimento V., Day M. et al. Evidence of evolving extraintestinal enteroaggregative Escherichia coli ST38 clone. Emerging infectious diseases. 2014; 20(11): 1935-7. https://doi.org/10.3201/eid2011.131845