Аннотация
Для детекции генетически измененных вариантов V. cholerae eltor, характеризующихся наличием однонуклеотидных полиморфизмов в гене ctxB, предложен метод минисеквенирования с MALDI-ToF масс-спектрометрическим анализом продуктов реакции с подобранными зондами, прилегающими к 115 и 203 позициям указанного ранее гена. При масс-спектрометрическом анализе результатов реакции минисеквенирования штаммов V. cholerae eltor, изолированных при эпидемических осложнениях на территории Сибири и Дальнего Востока, выявлены масс-спектры, соответствующие значениям молекулярных масс зондов (ctxB115, ctxB203) и достроившихся комплементарно к точкам соответствующих замен (T/C) дидезоксинуклеотидов (ddTTP, ddCTP). Для исследуемых штаммов V. cholerae eltor, изолированных в 70-х годах XX столетия установлена элонгация обоих зондов дидезокситимидином, что свидетельствует о присутствии в их геноме характерной для типичных представителей V. cholerae eltor ctxB3 аллели с тимином в 115 и 203 позициях. Для V. cholerae eltor, изолированных в 90-х годах, установлен отжиг к точкам замен дидезоксицитозина и наличие ctxB1 аллели с цитозином в анализируемых позициях, характерной для вибриона классического биовара, и обнаруживаемая в геноме одного из вариантов атипичных генетически измененных клонов V. cholerae eltor. По чувствительности и специфичности метод не уступает прямому секвенированию гена ctxB штаммов V. cholerae eltor и оказывается перспективным для анализа других значимых однонуклеотидных полиморфизмов.
Об авторах
Хунхеева Жанна ЮрьевнаИркутский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора 664047, Иркутск врач-бактериолог лаб. холеры Иркутского научно-исследовательского противочумного института Роспотребнадзора Khunkheeva2015@yandex.ru
Список литературы
Афанасьев М.В., Миронова Л.В., Басов Е.А., Остяк А.С., Куликалова Е.С., Урбанович Л.Я. и др. MALDI-TOF масс-спектрометрический анализ в ускоренной идентификации микроорганизмов рода Vibrio. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; (3): 22-9.
Миронова Л.В., Балахонов С.В., Урбанович Л.Я., Половинкина В.С., Кожевникова А.С., Куликалова Е.С. и др. Обнаружение «гибридных» штаммов Vibrio cholerae eltor при эпидемических осложнениях в Сибири и на Дальнем Востоке. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011; (5): 12-8.
Смирнова Н.И., Агафонов Д.А., Заднова С.П., Черкасов А.В., Кутырев В.В. Алгоритм идентификации токсигенных генетически измененных штаммов V. cholerae биовара эльтор. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014; (2): 36-46.
Blondal T., Waage B.G., Smarason S.V., Jonsson F., Fjalldal S.B., Stefansson K. et al. A novel MALDI-ToF based methodology for genotyping single nucleotide polymorphisms. Nucleic Acids Res. 2003; 31(24): e155.
Chin C.S., Sorenson J., Harris J.B., Robins W.P., Charles R.C., Jean-Charles R.R. et al. The origin of the Haitian cholera outbreak strain. N. Engl. J. Med. 2011; 364(1): 33-42.
Dieckmann R., Strauch E., Alter T. Rapid identification and characterization of Vibrio species using whole-cell MALDI-ToF mass spectrometry. J. Appl. Microbiol. 2010; 109(1): 199-211.
Eddabra R., Prévost G., Scheftel J.M. Rapid discrimination of environmental Vibrio by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Microbiol. Res. 2012; 167(4): 226-30.
Haff L.A., Smirnov I.P. Single-nucleotide polymorphism identification assays using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-ToF mass spectrometry. Genome Res. 1997; 7(4): 378-88.
Ikryannikova L.N., Afanas’ev M.V., Akopian T.A., Ill’ina E.N., Kuz’min A.V., Larionova E.E. et al. Mass-spectrometry based minisequencing method for the rapid detection of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. J. Microbiol. Methods. 2007; 70(3): 395-405.