Аннотация
Актуальность. Острые гастроэнтериты занимают второе место в структуре инфекционных заболеваний в Российской
Федерации, при этом во многих случаях этиологический агент остается неустановленным.
Цель – выявить возбудителей, вызвавших острые инфекционные гастроэнтериты у госпитализированных детей г. Хаба-
ровска, с использованием молекулярно-генетических методов.
Материал и методы. Исследованы образцы фекалий от 288 детей со спорадическим острым инфекционным гастроэн-
теритом с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Проведено секвенирование положительных в ПЦР образцов для
идентификации генотипа возбудителей. Результаты. У 236 (81,9%) из 288 детей, получавших стационарное лечение с сен-
тября 2019 по февраль 2020 года, установлены возбудители острого инфекционного гастроэнтерита: рота-, норо-, адено-,
астро-, парэховирусы, Campilobacter spp., Salmonella spp. Большинство пациентов представлено возрастной группой 1-2
года (36,5%). Среди всех выявленных возбудителей превалировали вирусы (98,3%). При вирусных моноинфекциях (113/236;
47,9%) чаще всего обнаруживали ротавирусы вида А (74,3%) и норовирусы (18,6%), реже – аденовирусы (5,3%) и астрови-
русы (1,8%). Среди ассоциаций вирусов (102/236; 43,2%) преобладали возбудители рота-норовирусные коинфекции (42/102;
41,2%), вирусно-бактериальных – ротавирусы и Campilobacter spp. (5/17; 29,4%). У 13 детей обнаружены парэховирусы
(5,5%), только в сочетании с другими кишечными вирусами. С помощью секвенирования идентифицированы 8 геновариантов
ротавирусов (G1P[8], G2P[4], G3P[8], G3P[9], G4P[8], G9P[4], G9P[8], G12P[8]), 6 геновариантов норовирусов (GII.2[P16],
GII.6[P7], GII.4[P16], GII.4[P31], GII.3[P12], GII.7[P7]), по 1 генотипу для астровирусов (HAstV-1) и парэховирусов (HPeV-1).
Заключение. Полученные результаты указывают на необходимость широкого внедрения молекулярно-генетических мето-
дов (мультиплексных ПЦР-тестов) в диагностику острых инфекционных гастроэнтеритов у детей.
Annotation
Background. Acute gastroenteritis ranks second in the structure of infectious diseases in the Russian Federation, while in many cases
the etiologic agent remains unknown.
Objective. To identify pathogens that cause acute infectious gastroenteritis in hospitalized children in Khabarovsk using molecular
genetic methods.
Material and methods. Stool samples from 288 children with sporadic acute infectious gastroenteritis were analyzed using polymerase
chain reaction (PCR). PCR-positive samples were sequenced to identify the genotype of pathogens.
Results. In 236 (81.9%) of 288 children who received hospital treatment from September 2019 to February 2020, the following causative
agents of acute infectious gastroenteritis were identified: rotavirus, norovirus, adenovirus, astrovirus, parechovirus, Campilobacter
spp., and Salmonella spp. Most patients were aged 1-2 years (36.5%). Among all the identified pathogens, viruses prevailed (98.3%).
In viral infections with a single pathogen (113/236; 47.9%), rotavirus type A (74.3%) and norovirus (18.6%) were most often detected,
while adenoviruses (5.3%) and astroviruses (1.8%) were less common. Among viral co-infections (102/236; 43.2%), rotavirusnorovirus
co-infections prevailed (42/102; 41.2%), and among viral-bacterial co-infections, rotaviruses + Campilobacter spp.
dominated (5/17; 29.4%). In 13 children, parechoviruses were detected (5.5%), only in combination with other enteric viruses. Using
sequencing, 8 genovariants of rotaviruses (G1P[8], G2P[4], G3P[8], G3P[9], G4P[8], G9P[4], G9P[8], G12P[8]), 6 genovariants
of noroviruses (GII.2[P16], GII.6[P7], GII.4[P16], GII.4[P31], GII.3[P12], GII.7[P7]), 1 genotype each for astroviruses (HAstV-1)
and parechoviruses (HPeV-1) were identified.
Conclusion. The obtained results indicate the need for widespread implementation of molecular genetic methods (multiplex PCR
panels) in the diagnosis of acute infectious gastroenteritis in children.
Key words: acute intestinal infections; acute infectious gastroenteritis; enteric viruses; polymerase chain reaction; rotaviruses;
noroviruses
Список литературы
Л И Т Е РАТ У РА ( П П . 1 , 2 , 6 – 8 , 1 2 – 2 0 , 2 3 – 3 2
С М . R E F E R E N C E S )
3. Ющук Н. Д. Инфекционные болезни: национальное руководство.
М.: ГЭОТАР-Медиа; 2019.
4. Здравоохранение в России. 2023. М.: Стат. сб./Росстат; 2023. Режим
доступа https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/Zdravoohran-2023.
pdf (дата обращения 01.03.2024).
5. Сергевнин В.И. Современные тенденции в многолетней динамике
заболеваемости острыми кишечными инфекциями бактериальной
и вирусной этиологии. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика.
2020; 19(4): 14–9. DOI: 10.31631/2073-3046-2020-19-4-14-19.
9. Краснова Е. И., Хохлова Н. И., Жираковская Е. В., Капустин Д.В.,
Соколов С.Н., Тикунова Н.В. и др. Клинико-лабораторные осо-
бенности острых вирусных гастроэнтеритов у взрослых жителей
Новосибирска. Экспериментальная и клиническая гастроэнтеро-
логия. 2016; 9(133): 14–8.
10. Крипакова В.В., Золотавина М.Л. Использование метода ИФА в
диагностике острых кишечных инфекций, вызванных норо- и ро-
тавирусами. Актуальные вопросы биологической физики и химии.
2020; 5(2): 349–53.
11. Воронова Е.А., Хайретдинова Э.Б., Никонорова И.В., Величко
Х.А. Роль ПЦР-диагностики в выявлении возбудителей острых
кишечных инфекций у пациентов детского стационара Клиниче-
ского госпиталя ЗАО «Медицинская Компания ИДК» г. Самары в
2020-2021 гг. Молекулярная диагностика и биобезопасность-2022:
Сборник материалов конгресса с международным участием. М.;
2022: 48–50.
22. Хохлова Н.И., Капустин Д.В., Краснова Е.И., Извекова И.Я. Но-
ровирусная инфекция (обзор литературы). Журнал инфектологии.
2018; 10(1): 5–14. DOI: 10.22625/2072-6732-2018-10-1-5-14.
R E F E R E NC E S
1. Çimen B., Aktaş O. Distribution of bacterial, viral and parasitic
gastroenteritis agents in children under 18 years of age in Erzurum,
Turkey, 2010–2020. Germs. 2022; 12(4): 444–51. DOI: 10.18683/
germs.2022.1350.
2. Sokic-Milutinovic A., Pavlovic-Markovic A., Tomasevic R.S., Lukic
S. Diarrhea as a clinical challenge: general practitioner approach. Dig.
Dis. 2022; 40(3): 282–9. DOI: 10.1159/000517111.
3. Yushchuk N.D. Infectious diseases: national guidelines. Moscow:
GEOTAR-Media; 2019. (in Russian)
4. Healthcare in Russia 2023 [Zdravookhranenie v Rossii 2023]. Moscow:
Stat. sb./Rosstat.; 2023. Access mode: https://rosstat.gov.ru/storage/
mediabank/Zdravoohran-2023.pdf (Accessed: 01.03.2024). (in Russian)
5. Sergevnin V.I. Modern trends in long-term dynamics of the acute
intestinal infections incidence of bacterial and viral etiology.
Epidemiologiya i Vaktsinoprofilaktika. 2020; 19(4): 14-9. DOI:
10.31631/2073-3046-2020-19-4-14-19. (in Russian)
6. Cho S.R., Chae S.J., Jung S., Choi W., Han M.G., Yoo C.K., Lee D.Y.
Trends in acute viral gastroenteritis among children aged ≤5 years
through the national surveillance system in South Korea, 2013-2019. J.
Med. Virol. 2021; 93(8): 4875–82. DOI: 10.1002/jmv.26685.
7. Mai C.T.N., Ly L.T.K., Doan Y.H., Oka T., Mai L.T.P., Quyet N.T.,
et al. Prevalence and characterization of gastroenteritis viruses among
hospitalized children during a pilot rotavirus vaccine introduction in
Vietnam. Viruses. 2023; 15(11): 2164. DOI: 10.3390/v15112164.
8. Meier J.L. Viral acute gastroenteritis in special populations.
Gastroenterol. Clin. North. Am. 2021; 50(2): 305–22. DOI: 10.1016/j.
gtc.2021.02.003.
9. Krasnova E.I., Khokhlova N.I., Zhirakovskaya E.V., Kapustin
D.V., Sokolov S.N., Tikunova N.V. et al. Clinical and laboratory
features of acute viral gastroenteritis in adults, residents of
Novosibirsk. Eksperimental`naya i klinicheskaya gastroenterologiya.
2016; (9): 14-8. (in Russian)
10. Kripakova V.V., Zolotavina M.L. Using the ELISA method in the
diagnosis of acute intestinal infections caused by noro- and rotaviruses.
Aktual’nye voprosy biologicheskoy fiziki i khimii. 2020; 5(2): 349–53.
(in Russian)
11. Voronova E.A., Khayretdinova E.B., Nikonorova I.V., Velichko K.A.
PCR diagnostics in identification of causative agents of acute enteric
infections in pediatric patients hospitalized in clinics of IDC Medical
Company CJSC, Samara, in 2020–2021. Сongress with international
participation “Molecular Diagnostics and Biological Safety-2022”
[“Molekulyarnaya diagnostika i biobezopasnost’-2022”]. 2022, Apr.
27–28. Moscow; 2022: 48–50. (in Russian)
12. Kramme S., Dähne T., Fomenko A., Panning M. Acute viral
gastrointestinal (GI) infections in the Tropics — A role for Cartridge-
Based Multiplex PCR panels? Trop. Med. Infect. Dis. 2022; 7(5): 80.
DOI: 10.3390/tropicalmed7050080.
13. Zhirakovskaya E., Tikunov A., Babkin I., Tikunova N. Complete
genome sequences of the first Parechoviruses A associated with
sporadic pediatric acute gastroenteritis in Russia. Infect. Genet. Evol.
2020; 80: 104214. DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104214.
14. Chen Q., Ma J., Gao L., Xian R., Wei K., Shi A. et al. Determination
and analysis of whole genome sequence of recombinant GII.6[P7]
Norovirus in Ningxia, China. Infect. Genet. Evol. 2023; 115: 105499.
DOI: 10.1016/j.meegid.2023.105499.
15. World Health Organization. Manual of Rotavirus detection and characterization
methods. Available at: https://iris.who.int/bitstream/
handle/10665/70122/WHOIVB08.17eng.pdf?sequence=1 (accessed 3
June 2024).
16. Makvandi M., Teimoori A., Pirmoradi R., Karami C., Shamsizadeh
A., Shabani A., et al. Parechovirus and Enteroviruses among young infants
with sepsis in Iran. Iran J. Microbiol. 2021; 13(3): 312–8. DOI:
10.18502/ijm.v13i3.6393.
17. Kim J.S., Lee W.J., Lee S.K., Lee E.J., Hyun J., Kim H.S. et al. Molecular
epidemiology of human Astrovirus in stool samples from patients
with acute gastroenteritis in Korea, 2013-2017. Ann. Lab. Med. 2019;
39(4): 367–72. DOI: 10.3343/alm.2019.39.4.367.
18. Nix W.A., Oberste M.S., Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR
amplification of VP1 sequences for direct identification of all Enterovirus
serotypes from original clinical specimens. J. Clin. Microbiol.
2006; 44(8): 2698–2704. DOI: 10.1128/JCM.00542-06.
19. Li F., Guo L., Li Q., Xu H., Fu Y., Huang L. et al. Changes in the
epidemiology and clinical characteristics of viral gastroenteritis among
hospitalized children in the Mainland of China: a retrospective study
from 2016 to 2020. BMC Pediatr. 2024; 24(1): 303. DOI: 10.1186/
s12887-024-04776-1.
20. Toczylowski K., Jackowska K., Lewandowski D., Kurylonek S., Waszkiewicz-
Stojda M., Sulik A. Rotavirus gastroenteritis in children hospitalized
in northeastern Poland in 2006-2020: Severity, seasonal trends,
and impact of immunization. Int. J. Infect. Dis. 2021; 108: 550-6.
DOI: 10.1016/j.ijid.2021.05.070.
21. Wang N., Pan G., Liu P., Rong S., Gao Z., Li Q. Advances and future
perspective on detection technology of human Norovirus. Pathogens.
2021; 10(11): 1383. DOI: 10.3390/pathogens10111383.
22. Khokhlova N.I., Kapustin D.V., Krasnova E.I., Izvekova I.Ya. Norovirus
infection (systematic review). Zhurnal infektologii. 2018; 10(1):
5-14. DOI: 10.22625/2072-6732-2018-10-1-5-14. (in Russian)
23. Lockhart A., Mucida D., Parsa R. Immunity to enteric viruses. Immunity.
2022; 55(5): 800-18. DOI: 10.1016/j.immuni.2022.04.007.
24. Wang L.P., Zhou S.X., Wang X., Lu Q.B., Shi L.S., Ren X. et al. Etiological,
epidemiological, and clinical features of acute diarrhea in China.
Nat. Commun. 2021; 12(1): 2464. DOI: 10.1038/s41467-021-22551-z.
25. Diez-Valcarce M., Lopez M.R., Lopez B., Morales O., Sagastume M.,
Cadena L. et al. Prevalence and genetic diversity of viral gastroenteritis
viruses in children younger than 5 years of age in Guatemala, 2014–
2015. J. Clin. Virol. 2019; 114: 6-11. DOI: 10.1016/j.jcv.2019.03.006.
26. Omatola C.A., Olaniran A.O. Rotaviruses: from pathogenesis to disease
control — A critical review. Viruses. 2022; 14(5): 875. DOI:
10.3390/v14050875.
27. Yuzhakov A., Yuzhakova K., Kulikova N., Kisteneva L., Cherepushkin
S., Smetanina S., et al. Prevalence and genetic diversity of group A
Rotavirus genotypes in Moscow (2019-2020). Pathogens. 2021; 10(6):
674. DOI: 10.3390/pathogens10060674.
28. Yu F., Jiang B., Guo X., Hou L., Tian Y., Zhang J. et al. Norovirus
outbreaks in China, 2000-2018: A systematic review. Rev. Med. Virol.
2022; 32(6): e2382. DOI: 10.1002/rmv.2382.
29. Lucero Y., Matson D.O., Ashkenazi S., George S., O’Ryan M. Norovirus:
Facts and reflections from Past, Present, and Future. Viruses. 2021;
13(12): 2399. DOI: 10.3390/v13122399.
30. Epifanova N.V., Sashina T.A., Morozova O.V., Oparina S.V., Novikova
N.A. An increase in prevalence of recombinant GII.3[P12] Norovirus
in sporadic acute diarrhea in children in Nizhny Novgorod, Russia,
2018-2021. Virus Genes. 2022; 58(5): 467-72. DOI: 10.1007/s11262-
022-01919-3.
31. Sridhar A., Karelehto E., Brouwer L., Pajkrt D., Wolthers K.C.
Parechovirus A pathogenesis and the enigma of genotype A-3. Viruses.
2019; 11(11): 1062. DOI: 10.3390/v11111062.
32. Bozzola E., Barni S., Barone C., Perno C.F., Maggioni A., Villani A.
Human Parechovirus meningitis in children: state of the art. Ital. J.
Pediatr. 2023; 49(1): 144. DOI: 10.1186/s13052-023-01550-4.
33. Zhang X.A., Zhao R.Q., Chen J.J., Yuan Y., Tang X., Zhou Z.W. et al.
The identification and genetic characterization of Parechovirus infection
among pediatric patients with wide clinical spectrum in Chongqing,
China. Front. Microbiol. 2021; 12: 709849. DOI: 10.3389/
fmicb.2021.709849.
34. Makimaa H., Ingle H., Baldridge M. T. Enteric viral co-infections:
pathogenesis and perspective. Viruses. 2020; 12(8): 904. DOI:
10.3390/v12080904.