ЛАБОРАТОРНАЯ ДИАГНОСТИКА МИКОБАКТЕРИОЗОВ У ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

Аннотация

Микобактериозы, как группа заболеваний, обусловленных нетуберкулёзными микобактериями, приобретают всё большее значение для пациентов из различных групп риска. Пациенты с муковисцидозом, наряду с больными другими генетическими заболеваниями, входят в группу риска по инфицированию нетуберкулёзными микобактериями. Диагностика микобактериозов у пациентов с муковисцидозом имеет ряд особенностей как на этапе работы с клиническим материалом, так и на этапе идентификации выделенных микроорганизмов. В обзоре представлены современные данные о возможностях лабораторной диагностики микобактериозов с учётом особенностей эпидемиологии, факторов риска, проведения скрининга инфицированности, деконтаминации материала, методов культивирования и идентификации нетуберкулёзных микобактерий у пациентов с муковисцидозом. Приведены данные о росте заболеваемости микобактериозами до 6-13% среди пациентов с муковисцидозом в развитых странах. Показан низкий уровень распространенности микобактериозов среди пациентов с муковисцидозом в Российской Федерации. Описаны факторы риска развития микобактериозов с точки зрения инфицирования различными микроорганизмами, в частности грибами рода Aspergillus. Описаны методика двухэтапной деконтаминации мокроты и возможные ограничения по культивированию её в автоматических системах, возможности использования для деконтаминации 1% раствора хлоргексидина и натрия додецилсульфата. Помимо стандартных методик, приводится методика выделения микобактерий, основанная на посеве материала на среды для селективного выделения Burkholderia cepacia complex. Описаны возможности идентификации микобактерий с помощью MALDI-ToF масс-спектрометрии. При подготовке обзора использовались источники из международных и отечественных баз данных: Scopus, Web of Science, РИНЦ.

Об авторах

Список литературы

Чучалин А.Г. Респираторная медицина: в 2 т. (Т. 1). М.: ГЭОТАР-Медиа; 2007.

Кондратьева Е.И., Красовский С.А., Воронкова А.Ю., Амелина Е.Л., Черняка А.В., Каширская Н.Ю. Регистр больных муковисцидозом в Российской Федерации. 2015 год. М.: «Медпрактика-М»; 2016.

Nick J.A., Nichols D.P. Diagnosis of Adult Patients with Cystic Fibrosis. Clin. Chest. Med. 2016; 37(1): 47-57.

US Cystic Fibrosis Foundation and European Cystic Fibrosis Society consensus recommendations for the management of non-tuberculous mycobacteria in individuals with cystic fibrosis. Thorax. 2016; 71: 1-22.

Майорова А.А., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Шемякин И.Г., Лазовская А.Л., Ильина Е.А. Видовая идентификация микобактерий нетуберкулезного комплекса методом амплификации и секвенирования генов 16S рРНК. Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. 2004; 3: 11-20

Thomson R., Tolson C., Carter R., Coulter C., Huygens F., Hagreaves M. Isolation of nontuberculous mycobacteria (NTM) from household water and shower aerosols in patients with pulmonary disease caused by NTM. J. Clin. Microbiol. 2013; 51: 3006-11.

Horsburgh C.R., Korvick J.A., Benson C.A. Epidemiology of Mycobacterium avium complex. Mycobacterium avium complex infection: progress in research and treatment. New York: Marcel Dekker; 1996; 1-22.

Olivier K.N., Weber D.J., Wallace R.J., Faiz A.R., Lee J.H., Zhanq Y. et al. Nontuberculous mycobacteria. I: multicenter prevalence study in cystic fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2003; 167: 828 — 34.

Roux A.L., Catherinot E., Ripoll F., Soismier N., Macheras E., Ravilly S. et al. Jean-Louis Herrmann for the OMA Group. Multicenter study of prevalence of nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis in France. J. Clin. Microbiol. 2009; 9: 117 — 23.

Smith M.J., Efthimiou J., Hodson M.E., Batten J.C. Mycobacterial isolations in young adults with cystic fibrosis. Thorax. 1984; 39: 369-75.

Rodman D.M., Polis J.M., Heltshe S.L., Sontag M.K., Chacon C., Rodman R.V. et al. Late diagnosis defines a unique population of long-term survivors of cystic fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2005; 171: 621-6.

Esther C.R., Esserman D.A., Gilligan P. Kerr A., Noone P.G. Chronic Mycobacterium abscessus infection and lung function decline in cystic fibrosis. J. Cyst. Fibros. 2010; 9: 117-23.

Adjemian J., Olivier K.N., Prevots D.R. Nontuberculous mycobacteria among patients with cystic fibrosis in the United States: screening practices and environmental risk. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2014; 190: 581-6.

Roux A.L., Catherinot E., Ripoll F., Soismier N., Macheras E., Ravilly S. et al. Multicenter study of prevalence of nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis in France. J. Clin. Microbiol. 2009; 47: 4124-8.

Qvist T., Gillijam M., Jonsson B., Taylor-Robinson D., Jensen-Fangel S., Wanga M. et al. the Scandinavian Cystic Fibrosis Study Consortium (SCFSC). Epidemiology of nontuberculous mycobacteria among patients with cystic fibrosis in Scandinavia. J. Cyst. Fibros. 2014; 14: 1569-1993.

Chan E.D., Kaminska A.M., Gill W., Chmura K., Feldman N.E., Bai X. et al. Alpha-1-antitrypsin (AAT) anomalies are associatedwith lung disease due to rapidly growing mycobacteria and AAT inhibits Mycobacterium abscessus infection of macrophages. Scand. Jinfect. Dis. 2007; 39: 690-6.

Sakatani M. Nontuberculosis mycobacteriosis: the present status of epidemiology and clinical studies. Kekkaku. 1999; 74: 377-84.

Levy I., Grisaru-Soen G., Lerner-Geva L., Kerem E., Blau H., Bentur L. et al. Multicenter cross-sectional Study of Nontuberculous Mycobacterial Infections among Cystic Fibrosis patients, Israel. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14: 378-84.

Catherinot E., Roux, A.L., Vibet, M.A., Bellis G., Ravilly S., Lemonnier L. et al. OMA Group. Mycobacterium avium and Mycobacterium abscessus complex target distinct cystic fibrosis patient subpopulations. J. Cyst. Fibros. 2013; 12: 74-80.

Смирнова Т.Г., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Андриевская И.Ю., Устинова В.В., Черноусова Л.Н. Мониторинг видового разнообразия нетуберкулезных микобактерий в ряде областей РФсиспользованием ДНК-стрипов GeoType Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience, Германия). Туберкулез и болезни легких. 2017; 5: 54-9

Aitken M.L., Burke W., McDonald G. Wallis C, Ramsey B, Nolan C. Nontuberculous mycobacterial disease in adult cystic fibrosis patients. Chest. 1993; 103: 1096-9.

Chalermskulrat W., Sood N., Neuringer I.P. Hecker T.M., Chang L, Rivera M,. Non-tuberculous mycobacteria in end stage cystic fibrosis: implications for lung transplantation. Thorax. 2006; 61: 507-13.

Kim J.S, Tanaka N., Newell J.D., Degroote M.A., Fulton K., Huitt G. et al. Nontuberculous mycobacterial infection: CT scan findings, genotype, and treatment responsiveness. Chest. 2005; 128: 3863-9.

Esther C.R. Jr., Henry M.M., Molina P.L., Leigh M.W. Nontuberculous mycobacterial infection in young children with cystic fibrosis. Pediatr. Pulmonol. 2005; 40: 39-44.

Evans J.T., Ratnaraja N., Gardiner S. Hawkey P., Smith E.G. Mycobacterium abscessus in cystic fibrosis: what does it all mean? Clin. Microbiol. Infect. 2011; 17: 602.

Mussaffi H., Rivlin J., Shalit I., Ephros M., Blau H. Nontuberculous mycobacteria in cystic fibrosis associated with allergic bronchopulmonary aspergillosis and steroid therapy. Eur. Respir. J. 2005; 25: 324-8.

Ager S., O’Brien C., Spencer D.A., Robb A. A retrospective review of non-tuberculous mycobacteria in pediatric cystic fibrosis patients at a regional centre. J. Cyst. Fibros. 2011; 10: 36.

Renna M., Schaffner C., Brown K., Shang S., Tamayo M.H., Hegyi K. et al. Azithromycin blocks autophagy and may predispose cystic fibrosis patients to mycobacterial infection. J. Clin. Invest. 2011; 121: 3554-63.

Binder A.M., Adjemian J., Olivier K.N., Prevots D.R. Epidemiology of nontuberculous mycobacterial infections and associated chronic macrolide use among persons with cystic fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2013; 188: 807-12.

Griffith D.E., Brown-Eliot B.A. An official ATS IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial disease. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2007; 175: 367-416.

Pye A., Hili S.L., Bharadwa P. Effect of storage and postage on recovery and quantitation of bacteria in sputum samples. Am. J. Clin. Pathol. 2008; 61: 352. 13.

Mase S.R., Ramsay A. Yield of serial sputum specimen examinations in the diagnosis of pulmonary tuberculosis: a systematic review. Int. J. Tuberc. Lung. Dis. 2007; 11: 485-95.

Stacey L. Martiniano, Jerry A. Nick, Charles L. Daley Nontuberculous Mycobacterial Inf. in Cystic Fibrosis. Clin. in Chest. Med. 2016; 37: 83-96.

Ferroni A., Vu-Thien H., Lanotte P., Le Bourgeois M., Sermet-Gaudelus I., Fauroux B. et al. Value of the chlorhexidine decontamination method for recovery of nontuberculous mycobacteria from sputum samples of patients with cystic fibrosis. J. Clin. Microbiol. 2006; 44: 2237-9.

Foweraker J.E., Jalili S., Athithan V., Grogono D., Curran M.C., Floto R.A. New Approaches To The Culture Of Mycobacterium Abscessus Complex From Patients With Cystic Fibrosis.Thorax 2015; 70: 180.

Peter H. Gilligan. Infections in Patients with Cystic Fibrosis Clin. in Lab. Med., 2014; 34: 197-217.

Charles R. Esther Jr. Detection of rapidly growing mycobacteria in routine cystic fibrosis cultures. J. Clin. Microbiol. 2011: 1421-5.

Ключевые слова