ЛАБОРАТОРНЫЕ ОШИБКИ ИДЕНТИФИКАЦИИ ШТАММОВ ESCHERICHIA COLI СЕРОЛОГИЧЕСКИХ ГРУПП О 6 И О25 КАК ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ

Аннотация

Изучены гены, кодирующие факторы вирулентности 221 штамма: E. coli О6:Н1 (194) и E. coli О25:Н4 (27), выделенных в 2014-2018 г.г. из проб испражнений детей и взрослых, обследованных по эпидемическим показаниям. Молекулярные методы включали ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной и с электрофоретической детекцией продуктов амплификации. Штаммы не имели генов вирулентности диареегенных E. coli (DEC) патогрупп EPEC, ETEC, EIEC, EHEC, EAggEC, принадлежали к филогенетической группе В2. Содержали от четырёх до восьми генов, кодирующих факторы вирулентности ExPEC – возбудителей внекишечных заболеваний: E. coli О6:Н1 – рар (68,6%), sfa (87,6%), fimH (96,4%), hly (62,4%), cnf (74,7%), iutA (97,9%), fyuA (95,9%), chu (100%); E. coli О25:Н4 – рар (66,7%), afa (22,2%), fimH (100%), hly (44,4%), cnf (44,4%), iutA (100%), fyuA (100%), chu (100%). Определение чувствительность к β-лактамам, фторхинолонам, аминогликозидам, нитрофурантоину, сульфаниламиду, триметоприм/сульфаметоксазолу – в соответствии КР 2018. Чувствительны к АМП 60,3% E. coli О 6:Н1, штаммы E. coli О25:Н4 сохраняли чувствительность к карбапенемам и нитрофуранам. Резистентность к цефалоспоринам расширенного спектра обусловлена продукцией БЛРС (CTX-M). MDR фенотипом характеризовались 57,1% резистентных штаммов E. coli О6:Н1 и 100% штаммов E. coli O25:Н4. Фенотип XDR имел каждый пятый MDR штамм E. coli О 6:Н1 и E. coli O25:Н4. Все штаммы E. coli O25:Н4 относились к ST131. Учитывая важную роль E. coli в патологии человека, детекцию генов вирулентности следует проводить для подтверждения этиологической значимости, выделенного штамма.

Об авторах

Список литературы

1. Международная классификация болезней МКБ-10 [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.mkb10.ru

2. Санитарно-эпидемиологические правила СП 3.1.1.3108-13 «Профилактика острых кишечных инфекций».

3. Онищенко Г.Г., Дятлов И.А., Светоч Э.А., Воложанцев Н.В., Баннов В.А., Карцев Н.Н. и др. Молекулярно-генетическая характеристика шига-токсинпродуцирующих Escherichia coli, выделенных при вспышке пищевой инфекции в Санкт-Петербурге в 2013 году. Вестник Российской академии медицинских наук. 2015; 1: 70-81. Режим доступа: doi:10.15690/vramn.v70i1.1234

4. Nataro J.P., Kaper J.B. Diarrheagenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 1998; 11: 142-201.

5. Sarowska J., Futoma-Koloch B., Jama-Kmiecik A., Frej-Madrzak M., Ksiazczyk M., Bugla-Ploskonska G. et al. Virulence factors, prevalence and potential transmission of extraintestinal pathogenic
Escherichia coli isolated from different sources: recent reports. Gut Pathog. 2019; 11:10. Available at: doi.org/10.1186/s13099-019-0290-0

6. Russo T., Johnson J. Medical and economic impact of extraintestinal infections due to Escherichia coli: an over- looked epidemic. Microbes and Infect. 2003; 5: 449–56.

7. Рафальский В.В. Антибиотикорезистентность возбудителей неосложнённых инфекций мочевых путей в Российской Федерации. Вестник урологии. 2018; 6(3): 50-6. Режим доступа: doi:
10.21886/2308-6424-2018-6-3-50-56

8. ВОЗ. Доклад «устойчивость к противомикробным препаратоам: глобальный доклад по итогам эпиднадзора» [Электронный ресурс] Режим доступа: https://www.euro.who.int/2014new-reportantibiotic-resistance-global-health-threat

9. ВОЗ. Список бактерий, для борьбы с которыми требуется создание новых антибиотиков [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/ru/news-room/detail/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-witch-new-antibiotics-are-urgently-needed

10. Tamura K., Sakazaki R., Murase M., Kosako Y. Serotyping and categorization of Escherichia coli strains isolated between 1958 and 1992 from diarrhoeal diseases in Asia. Med. Microbiol. 1996; 45: 353-8.

11. Poolman J.T., Wacker M. Extraintestinal pathogenic Escherichia coli, a common human pathogen: challenges for vaccine development and progress in the fieid. Infect. Dis. 2015; Available at: DOI: 10.1093/infdis/jiv429

12. Wolf M.K. Occurrence, distribution, and associations of O and H serogroups, colonization factor antigens, and toxins of enterotoxigenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 1997; 10 (4): 569-84.

13. Kaper, J.B., Nataro J.P., Mobley H.L. Pathogenic E.coli. Nat. Rev. Microbiol. 2004; 2: 123-40.

14. Хазенсон Л.Б., Лосева А.Г. Колиэнтерит у детей раннего возраста. Л.: Медицина; 1976.

15. Методические рекомендации. Лабораторная диагностика колиэнтерита детей раннего возраста. МЗ РСФСР; 1985.

16. Li D., LiuB., Chen M., Guo D., Guo X., Liu F., et al. A multiplex PCR method to detect 14 Escherichia coli serogroups associated with urinary tract infections. Microbiol. Methods. 2010; 82(1): 71-7. Available at: doi: 10.1016/j.mimet. 2010.04.008

17. Banjo M., Iguchi A., Seto K., Kikuchi T., Harada T., Scheutz F. et al. Escherichia coli H-genotyping PCR: a compete and practical platform for molecular H typing. Clin. Microbiol. 2018; 56(6): e00190-18. Available at: doi: 10.1128/JCM.00190-18

18. Clermont O., Bonacorsi S., Bingen E. Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group. Appl. Environ. Microbiol. 2000; 66(10): 4555-8. Available at: doi: 10.1128/aem.66.10.4555-4558.2000

19. Johnson J.R., Stell A.L. Extended virulence genotypes of Escherichia coli strains from patients with urosepsis in relation to phylogeny and host compromise. Infect. Dis. 2000; 181: 261-72.

20. Dallenne C., Da Costa A., Decre D., Favier C., Arlet G. Development of a set of muliplex PCR assays for the detection of genes encoding important b-lactamases in Enterobacteriaceae. Antimicrob. Chemother. 2010; 65: 490-5. Available at: doi:10.1093/jac/dkp498

21. Clermont O., Dhanji H., Upton M., Gidreel T., Fox A., Boyd D. et al. Rapid detection of the O25b-ST131 clone of Escherichia coli encompassing the CTX-M-15-producing strains. Antimicrob. Agents Chemother. 2009; 64: 274-7. Available at: doi:10.1093/jac/dkp194

22. Клинические рекомендации «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам». Режим доступа: https://www.antibiotic.ru/minzdrav/files/docs/clrec-dsma2018.pdf

23. Эйдельштейн М.В. Выявление бета-лактамаз расширенного спектра у грамотрицательных бактерий с помощью фенотипических методов. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2001; 3 (2): 183-9.

24. Magiorakos AP., Srinivasan A., Carey R.B., Carmeli Y., Falagas M.E., Giske C.G., et al. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definition for acquired resistance. Clin.Microbiol. Infect. 2012; 18 (3): 268-81.

25. Сухорукова М.В., Эйдедьштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011-2012 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014; 16 (4): 254-65.

26. Казанцев А.В., Осина Н.А., Глинская Т.О., Кошелева О.Н., Максимов Ю.В., Девдариани З.Л. и др. Факторы вирулентности и филогенетическая характеристика уропатогенных штаммов
Escherichia coli, выделенных на территории г. Саратова. Проблемы особо опасных инфекций. 2019; 4: 56-60.

27. Отраслевой стандарт «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника». ОСТ 1500.11.0004-2003. Приказ МЗ РФ № 231 от 09.06.2003.

28. Иванова Е.И., Попкова С.М., Джиоев Ю.П., Долгих В.В., Ракова Е.Б., Бухарова Е.В. Детекция некоторых генов, кодирующих факторы патогенности у типичных изолятов Escherichia coli. Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2014; 5(99): 89-94.

29. Bergey’s Manual of systematic bacteriology. XXVIII. 2005. Available at: eBook Packages Biomedical and Life Sciences. DOI https://doi.org/10.1007/0-387-28022-7 Online ISBN 978-0-387-28022-6

30. МУК 4.2.2963-11 Методические указания по лабораторной диагностике заболеваний, вызываемых Escherichia coli, продуцирующих шига-токсиы (STEC-культуры), и обнаружению возбудителей STEC- инфекций в пищевых продуктах. M.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора; 2011.

31. Макарова М.А., Дмитриев А.В., Матвеева З.Н., Кафтырева Л.А. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Escherichia coli серогруппы О26, вызывающих диарейные заболевания у детей. Медицинский академический журнал. 2018; 18 (3): 85-90.

32. Park J.Y., Yun K.W., Choi E.H., Lee H.J. Prevalence and characteristics of sequence type 131 Escherichia coli isolated from children with bacteremia in 2000-2015. Microb. Drug Resist. 2018; 24(10): 1552-8. Available at: https://doi.org/10.1089/mdr.2017.0224

33. Sepp E., Andreson R., Balode A., Bilozor A., Brauer A., Egorova S. et al. Phenotypic and molecular epidemiology of ESBL-, AmpC-, and carbapenemase-producing Escherichia coli Northern Europe.
Front. Microbiol. 2019. Available at: https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02465

34. Lillo J., Pai K., Balode A., Makarova M., Huik K., Kõljalg S. et al. Differences in extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli virulence factor genes in the Baltic Sea region. 2014. BioMed Research International. Article ID 427254, 7 pages. Available at: https://dx.doi.org/10.1155/2014/427254

35. Егорова С.А., Кафтырева Л.А., Липская Л.В., Коноваленко И.Б., Пясецкая М.Ф., Курчикова Т.С и др. Штаммы энтеробпктерий, продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра и металло-ß-лактамазу NDM-1, выделенные в стационарах в странах Балтийского региона. Инфекция и иммунитет. 2013; 3(1): 29-36.

Ключевые слова