Аннотация
Цель работы — сравнительный анализ методов пробоподготовки образцов для эффективной идентификации грибов рода Candida с помощью масс-спектрометрического анализа. Исследовано 265 штаммов дрожжей и дрожжеподобных грибов, выделенных из мокроты больных с пневмониями. Идентификацию отобранных штаммов проводили общепринятыми методами (по культуральным, морфологическим, тинкториальным, ферментативным свойствам) и MALDI-ToF MS с использованием масс-спектрометра Autoflex speed III Bruker Daltonics (Германия) и программного обеспечения Flex Control. Для оценки эффективности определения видовой принадлежности грибов выполнен сравнительный анализ подготовки образцов с помощью 4-х методов: прямого нанесения на мишень, расширенного метода прямого нанесения, экстракции белков с использованием этанола/муравьиной кислоты или трифторуксусной кислотой. Ускоренная схема идентификации грибов культуральным методом не обеспечивает получения чётких и однозначных результатов. При использовании масс-спектрометрического анализа достоверность результатов зависит от пробоподготовки образцов. Проведено сравнительное изучение эффективности определения видовой принадлежности грибов при различных методах подготовки материала на коллекции 50 клинических изолятов. Выявлено, что экстракция клеток с помощью ТФУ кислоты не приводит к появлению регистрируемых спектров белков. Применение методов прямого и расширенного прямого нанесения позволило установить вид только у 32-44% штаммов. Наиболее эффективным способом пробоподготовки оказался метод с использованием муравьиной кислоты и этанола, который позволил определить видовую принадлежность у 100% изучаемых грибов (Score 2.0). В зависимости от вида дрожжей, высокий статистический показатель (Score≥2.3) зарегистрирован для 42-100% образцов. Использование MALDI-ToF MS является наиболее достоверным и информативным методом идентификации грибов рода Candida.
Список литературы
Багирова Н.С. Инвазивные грибковые инфекции: пересмотр определений, новое в диагностике по данным EORTC/MSGERC. Злокачественные опухоли. 2020; 3s1: 39-48. https://doi.org/10.18027/2224-5057-2019-10-3s1-39-48
Song G., Liang G., Liu W. Fungal Co-infections Associated with Global COVID-19 Pandemic: A Clinical and Diagnostic Perspective from China. Mycopathologia. 2020; 185(4): 599-606. https://doi.org/10.1007/s11046-020-00462-9
Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май-июнь 2020 г.). Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:43-9. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-43-49
Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалёв Е.В., Чемисова О.С. и др. Особенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 4:99-105. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-4-99-105
Steinbach W.J., Roilides E., Berman D., Hoffman J.A., Groll A.H., Bin-Hussain I. et al. Results from a prospective, international, epidemiologic study of invasive candidiasis in children and neonates.International pediatric fungal network. pediatr. infect. dis. j. 2012; 31: 1252-7. https://doi.org/10.1097/INF.0b013e3182737427
Kathuria S., Singh P.K., Sharma C., Prakash A., Masih A., Kumar A. et al. Multidrug-resistant Candida auris misidentified as Candida haemulonii: characterization by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and DNA sequencing and its antifungal susceptibility profile variability by Vitek 2, CLSI broth microdilution, and Etest method. J. Clin. Microbiol. 2015; 53(6): 1823-30. https://doi.org/10.1128/JCM.00367-15
Pana Z.D., Roilides E., Warris A., Groll A. H., Zaoutis T. Epidemiology of invasive fungal disease in children. J. Pediatric Infect. Dis. Soc. 2017; 6: S3-11. https://doi.org/10.1093/jpids/pix046
Togano T., Suzuki Y., Nakamura F., Tse W, Kume H. Epidemiology of visceral mycoses in patients with acute leukemia and myelodysplastic syndrome: analyzing the national autopsy database in Japan. Med. Mycol. J. 2021; 59(1): 50-7. https://doi.org/10.1093/mmy/myaa029
Kume H., Yamazaki T., Togano T., Abe M., Tanuma H., Kawana S. et al. Epidemiology of visceral mycoses in autopsy cases in Japan: comparison of the data from 1989, 1993, 1997, 2001, 2005 and 2007 in Annual of Pathological Autopsy Cases in Japan. Med. Mycol. J. 2011; 52(2): 117-27. https://doi.org/10.3314/jjmm.52.117
Oliver J.C., Laghi L., Parolin C., Foschi C., Marangoni A., Liberatore A. et al. Metabolic profiling of Candida clinical isolates of different species and infection sources. Sci. Rep. 2020; 10(1): 16716. https://doi.org/10.1038/s41598-020-73889-1
Попов Д.А., Овсеенко С.Т., Вострикова Т.Ю. Применение метода MALDI-TоF MS в современной микробиологической лаборатории. Поликлиника. 2016; 1-3: 53-6.
Муравьёва В.В., Припутневич Т.В., Завьялова М.Г., Анкирская А.С., Ильина Е.Н. Сравнительная оценка видовой идентификации вагинальных изолятов дрожжевых грибов методом MALDI-TоF MS и традиционными (биохимическим и фенотипическим) методами. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014; 16(1): 11-7.
Чеботарь И.В., Поликарпова С.В., Бочарова Ю.А., Маянский Н.А. Использование времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-ToF MS) для идентификации бактериальных и грибковых возбудителей III-IV групп патогенности. Лабораторная служба. 2018; 7(2): 78-86. https://doi.org/10.17116/labs20187278-86
Кубась В.Г. Этиология, патогенез и лабораторная диагностика кандидоза. [Электронный ресурс]. https://www.rusmedserv.com/mycology/html/kandidoz3.htm (дата обращения 15.11.21).
Селькова Е.П. Кандидозы: клиника и лабораторная диагностика. [Электронный ресурс]. https://www.gabrich.com/science/candid-obzor.html (дата обращения 15.11.21).