Аннотация
Проведено высокоразрешающее HLA-типирование локусов HLA-A, -B, -С, -DRB1 и -DQB1 методом массового параллельного секвенирования у 150 проживающих на территории Республики Калмыкия потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток. В оценке популяции калмыков идентифицировано 4 новых аллеля, ранее не зарегистрированные международным Комитетом по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ. В ходе проведённых исследований выявлено 29 аллелей по локусу HLA-A, 44 — по локусу HLA-B, 26 — по локусу HLA-С, 15 — по локусу DQB1, 37 — по локусу HLA-DRB1. Частотой встречаемости более 10% обладают следующие аллели: HLA-A*02:01 (11,7%), HLA-A*01:01 (11%), HLA-B*51:01 (10,3%), HLA-B*58:01 (10,3%), HLA-C*06:02 (17,7%), HLA-C*03:04 (10,3%), HLA-C*03:02 (10%), HLA-DQB1*03:01 (26,7%), HLA-DQB1*02:02 (10%), HLA-DRB1*07:01 (11,7%). Наиболее часто встречающимся HLA-A-B-C-DQB1-DRB1 гаплотипом является A*02:05-B*50:01-C*06:02-DQB1*02:02-DRB1*07:01 (3,7%). Отклонения от закона Харди — Вайнберга не выявлены.
Об авторах
Логинова Мария АлександровнаФГБУ РМНПЦ «Росплазма» ФМБА России; ФГБУН Кировский НИИ гематологии и переливания крови ФМБА России 610002, г. Киров канд. биол. наук, нач. отд. донорства гемопоэтических стволовых клеток ФГБУ РМНПЦ «Росплазма» ФМБА России loginova-ma@rosplasma.ru
Список литературы
Horton R., Wilming L., Rand V. et al. Gene map of the extended human MHC. Nat. Rev. Genet. 2004; 5(12): 889-99.
Janeway C.A., Travers P., Walport M., Shlomchik M.J. Immunobiology: The Immune System in Health and Disease. 5th edition. New York: Garland Science; 2001.
Consortium T.Ms. Complete sequence and gene map of a human major histocompatibility complex. The MHC sequencing consortium. Nature. 1999; 401(6756): 921-3.
The Allele Frequency Net Database. HLA Allele Freq. Classical. Available at: https://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp.
Wingard J.R., Gastineau D.A., Leather H.L. et al. Hematopoietic Stem Cell Transplantation. A Handbook for Clinicians. 2nd Edition. AABB. Bethesda. Maryland. 2015; 970.
Счетчик регистра (2018). Доступен: https://www.rdkm.rusfond.ru/registr_stat/001 (обновление 30.11.2018)
Excoffier L., Laval G., Schneider S. Arlequin (version 3,0): An integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics Online. 2007; 23(1): 47-50.
IPD-IMGT/HLA Database. European Bioinformatics Institute. Available at: https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/.
Калмыки. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыки.
Калмыкия. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Калмыкия.
Кутявина С.С., Логинова М.А., Черанев В.В., Парамонов И.В., Зарубин М.В., Верёвкина Л.Н. Генетические особенности HLA-аллелей у Бурят, проживающих на территории Иркутской области. Гематология и трансфузиология. 2017; 3(62): 147-52.
Цаатаны. Доступен: https://ru.wikipedia.org/wiki/Цаатаны.
The Allele Frequency Net Database. HLA Haplotype Frequency Search. Available at: https://www.allelefrequencies.net/hla6003a.asp