Аннотация
Рассмотрены особенности технологии реакции петлевой изотермической амплификации ДНК (Loop mediated isothermal amplification — LAMP), вопросы оптимизации реакции и перспективы ее применения в качестве быстрого высокоспецифичного теста в молекулярной диагностике инфекционных болезней и мониторинге контаминации патогенами объектов окружающей среды. Анализ данных литературы об использовании LAMP в диагностике холеры свидетельствует о высокой диагностической ценности метода. LAMP обеспечивает возможность прямой ускоренной детекции токсинпродуцирующих штаммов Vibrio cholerae в клинических образцах, выявление детерминант холерного вибриона в чистой культуре, пробах из объектов окружающей среды, пищевых продуктах. Исследователями установлено превышение параметров чувствительности и специфичности LAMP в сравнении с ПЦР, что позволяет рассматривать ее в качестве перспективного метода при экспресс-анализе клинического материала от больных с подозрением на холеру, а также в скрининговых исследованиях объектов окружающей среды и определяет необходимость разработки тест-систем, основанных на использовании данной технологии.
Список литературы
Онищенко Г.Г., Ежлова Е.Б., Дёмина Ю.В., Мельникова А.А. О мерах по совершенствованию эпидемиологического надзора в части индикации возбудителей инфекционных заболеваний. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2013; (2): 4-13.
Шарова И.Н., Казакова Е.С., Портенко С.А., Красовская Т.Ю., Осина Н.А., Куклев В.Е. и др. Совершенствование и стандартизация лабораторной диагностики особо опасных, «новых» и «возвращающихся» инфекционных болезней. Проблемы особо опасных инфекций. 2013; (2): 46-8.
Fournier P.E., Drancourt M., Colson P., Rolain J.M., La Scola B., Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat. Rev. Microbiol. 2013; 11(8): 574-85.
Sharma S., Zapatero-Rodríguez J., Estrela P., O’Kennedy R. Point-of-Care Diagnostics in Low Resource Settings: Present Status and Future Role of Microfluidics. Biosensors (Basel). 2015; 5(3): 577-601.
Peeling R.W., Mabey D. Point-of-care tests for diagnosing infections in the developing world. Clin. Microbiol. Infect. 2010; 16(8): 1062-9.
St John A., Price C.P. Existing and Emerging Technologies for Pointof-Care Testing. Clin. Biochem. Rev. 2014; 35(3): 155-67.
Drain P.K., Hyle E.P., Noubary F., Freedberg K.A., Wilson D., Bishai W. et al. Diagnostic point-of-care tests in resource-limited settings. Lancet Infect. Dis. 2014; 14(3): 239-49.
Mori Y., Notomi T. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases. J. Infect. Chemother. 2009; 15(2): 62-9.
Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000; 28(12): E63.
Parida M., Sannarangaiah S., Dash P.K., Rao P.V., Morita K. Loop mediated isothermal amplification (LAMP ): a new generation of innovative gene amplification technique; perspectives in clinical diagnosis of infectious diseases. Rev. Med. Virol. 2008; 18(6): 407-21.
Yan L., Zhou J., Zheng Y., Gamson A.S., Roembke B.T., Nakayama S. et al. Isothermal amplified detection of DNA and RNA . Mol. Biosyst. 2014; 10(5): 970-1003.
Tomita N., Mori Y., Kanda H., Notomi T. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products. Nat. Protoc. 2008; 3(5): 877-82.
Gill P., Ghaemi A. Nucleic acid isothermal amplification technologies: a review. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2008; 27(3): 224-43.
Buchan B.W., Ledeboer N.A. Emerging technologies for the clinical microbiology laboratory. Clin. Microbiol. Rev. 2014; 27(4): 783-822.
Kaneko H., Kawana T., Fukushima E., Suzutani T. Tolerance of loopmediated isothermal amplification to a culture medium and biological substances. J. Biochem. Biophys. Methods. 2007; 70(3): 499-501.
Nagamine K., Hase T., Notomi T. Accelerated reaction by loopmediated isothermal amplification using loop primers. Mol. Cell. Probes. 2002; 16(3): 223-9.
Goto M., Honda E., Ogura A., Nomoto A., Hanaki K. Colorimetric detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by using hydroxy naphthol blue. Biotechniques. 2009; 46(3): 167-72.
Jothikumar P., Narayanan J., Hill V.R. Visual endpoint detection of Escherichia coli O157:H7 using isothermal Genome Exponential Amplification Reaction (GEAR) assay and malachite green. J. Microbiol. Methods. 2014; 98: 122-7.
Nzelu C.O., Gomez E.A., Cáceres A.G., Sakurai T., Martini-Robles L., Uezato H. et al. Development of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid mass-screening of sand flies for Leishmania infection. Acta. Trop. 2014; 132: 1-6.
Dukes J.P., King D.P., Alexandersen S. Novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification for rapid detection of footand-mouth disease virus. Arch. Virol. 2006; 151(6): 1093-106.
Curtis K.A., Rudolph D.L., Owen S.M. Rapid detection of HIV-1 by reverse-transcription, loop-mediated isothermal amplification (RTLAMP). J. Virol. Methods. 2008; 151(2): 264-70.
Hill J., Beriwal S., Chandra I., Paul V.K., Kapil A., Singh T. et al. Loop-mediated isothermal amplification assay for rapid detection of common strains of Escherichia coli. J. Clin. Microbiol. 2008; 46(8): 2800-4.
Njiru Z.K. Loop-mediated isothermal amplification technology: Towards point of care diagnostics. PLOS Negl. Trop. Dis. 2012; 6(6): e1572.
Pourmand N., Karhanek M., Persson H.H., Webb C.D., Lee T.H., Zahradnikova A. et al. Direct electrical detection of DNA synthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 2006; 103(17): 6466-70.