ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА ПЦР ДЛЯ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ КОКЛЮША В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Аннотация

Цель работы — определить практическую значимость метода ПЦР в лабораторной диагностике коклюшной инфекции в РФ. Референс-центром по мониторингу за возбудителями кори, краснухи, эпидемического паротита, коклюша и дифтерии в 2018 г. в 85 субъектах России проведено анкетирование клинико-диагностических лабораторий лечебно-профилактических организаций и Центров гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, осуществляющих ПЦР-исследования по идентификации микроорганизмов рода Bordetella. В 2013 г. ПЦР-диагностика коклюша проводилась в 33 (38,8%) субъектах РФ. К 2017 г. их число увеличилось до 64 (75,3%). На территориях 21 (24,7%) региона данный вид исследования в 2013-2017 г.г. не применялся. В субъектах РФ степень внедрения метода ПЦР в практическую работу лабораторий медицинских организаций различна, в связи с чем, объём проводимых тестирований сильно варьирует. В РФ отмечается тенденция к росту числа ПЦР-исследований при обследовании лиц с подозрением на коклюш, осуществляемых как с диагностической целью, так и по эпидемическим показаниям. В ЛПО по сравнению с ЦГиЭ Роспотребнадзора темпы внедрения метода ПЦР для диагностики коклюшной инфекции в работу лабораторий выше. В период 2013-2017 г. г. отмечается уменьшение доли проб, содержащих ДНК B. pertussis, и увеличение доли образцов, в которых идентифицируется ДНК других представителей рода Bordetella. В случае выделения ДНК Bordetella spp. ставится диагноз «Коклюш неуточнённый», поскольку у врача отсутствуют сведения о видовой принадлежности возбудителя. С целью расширения возможностей обследования больных с подозрением на коклюш, целесообразно совершенствовать ПЦР-диагностику путём включения в диагностические тест-системы генов-мишеней, позволяющих идентифицировать ДНК разных представителей рода Bordetella, являющимися актуальными на сегодняшний день возбудителями.

Об авторах

Список литературы

Паньков А. С., Денисюк Н. Б., Кайкова О. В. Эволюция коклюшной инфекции: вопросы профилактики. Медицинский альманах. 2015; 5(40): 129-32.

Таточенко В. К. Коклюш — недоуправляемая инфекция. Вопросы современной педиатрии. 2014; 13(2): 78-82.

Михеева И. В., Фомкина Н. Н., Михеева М. А. Современная эпидемиологическая и экономическая характеристика коклюша в Москве. Журнал инфектологии. 2019; 11(1): 84-91.

Михеева И. В., Салтыкова Т. С., Михеева М. А. Целесообразность и перспективы вакцинопрофилактики коклюша без возрастных ограничений. Журнал инфектологии. 2018; 10(4): 14-23.

Попова О. П., Петрова М. С., Бунин С. В., Персиянцева Е. А. Клинические аспекты эволюции коклюша у детей в современных условиях. Инфекционные болезни. 2017; 15(3): 33-40.

Гасилина Е. С., Китайчик С. М., Горелова И. А., Кабанова Н. П., Федосеева О. А., Богоявленская И. Ю. и др. Коклюш у детей — клинико-эпидемическая характеристика в Самарской области. Журнал инфектологии. 2018; 10(3): 54-60.

Иозефович О. В., Харит С. М., Каплина С. П. Распространённость коклюша у длительно кашляющих детей 6-17 лет, привитых в раннем возрасте АКДС вакциной. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2012; 66(5): 56-9.

Kamachi K., Yoshino S., Katsukawa C., Otsuka N., Hiramatsu Y., Shibayama K. Laboratory-based surveillance of pertussis using multitarget real-time PCR in Japan: evidence for Bordetella pertussis infection in preteens and teens. New Microbes and New Infections. 2015; 8: 70-4.

Martini H. Detemmerman L., Soetens O., Yusuf E., Pierard D. Improving specificity of Bordetella pertussis detection using a four target real-time PCR. PLoS One. 2017; 12(4): e0175587.

Castillo M. E., Bada C., Del Aguila O., Petrozzi-Helasvuo V., Casabona-Ore V., Reyes I. Detection of Bordetella pertussis using a PCR test in infants younger than one year old hospitalized with whooping cough in five Peruvian hospitals. International Journal of Infectious Diseases. 2015; 41: 36-41.

Медкова А. Ю., Аляпкина Ю. С., Синяшина Л. Н., Амелина И. П., Алексеев Я. И., Каратаев Г. И. и др. Распространённость стёртых форм коклюша и анализ фазовых состояний бактерий Bordetella pertussis. Детские инфекции. 2010; 9(4): 19-22.

Пименова А. С., Борисова О. Ю., Цвиркун О. В., Басов А. А., Алёшкин В. А., Афанасьев С. С. и др. Эффективность применения молекулярно-генетической диагностики при обследовании очагов коклюшной инфекции. Инфекция и иммунитет. 2017; 7(2): 162-70.

Нестерова Ю. В., Медкова А. Ю., Бабаченко И. В., Сёмин Е. Г., Калисникова Е. Л., Синяшина Л. Н. и др. Клинико-диагностическое значение генетических маркёров Bordetella pertussis у контактных лиц в семейных очагах. Журнал инфектологии. 2019; 11(1): 17-24.

Прадед М. Н., Яцышина С. Б., Селезнёва Т. С., Малинина С. В., Бирюлёва Н. В., Любимова Т. Е. и др. ПЦР-диагностика инфекций, вызванных B. pertussis, B. parapertussis и B. bronchiseptica. Клиническая лабораторная диагностика. 2013; 1: 53-6.

Fry N. K., Duncan J., Wagner K., Tzivra O., Doshi N., Litt D.J. et al. Role of PCR in the diagnosis of pertussis infection in infants: 5 years’ experience of provision of a same-day real-time PCR service in England and Wales from 2002 to 2007. Journal of Medical Microbiology. 2009; 58(Pt.8): 1023-9.

van der Zee A., Schellekens J.F., Mooi F.R. Laboratory diagnosis of pertussis. Clinical Microbiology Reviews. 2015; 28(4): 1005-26.

Lee A. D., Cassiday P. K., Pawloski L. C., Tatti K. M., Martin M. D., Briere E. C. et al. Clinical evaluation and validation of laboratory methods for the diagnosis of Bordetella pertussis infection: culture, polymerase chain reaction (PCR) and anti-pertussis toxin IgG serology (IgG-PT). PLoS One. 2018; 13(4): e0195979.

Guthrie J. L., Robertson A. V., Tang P., Jamieson F., Drews S. J. A novel duplex real-time PCR assay detects Bordetella holmesii in patients with pertussis-like symptoms in Ontario, Canada. Journal of Clinical Microbiology. 2010; 48(4): 1435-7.

Roorda L., Buitenwerf J., Ossewaarde J., van der Zee A. A real-time PCR assay with improved specificity for detection and discrimination of all clinically relevant Bordetella species by the presence and distribution of three insertion sequence elements. BMC Research Notes. 2011; 4(1): 11.

Sloan L. M., Hopkins M. K., Mitchell P. S., Vetter E. A., Rosenblatt J. E., Harmsen W. S. et al. Multiplex LightCycler PCR assay for detection and differentiation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis in nasopharyngeal specimens. Journal of Clinical Microbiology. 2002; 40(1): 96-100.

Templeton K. E., Scheltinga S. A., van der Zee A., Diederen B. M., van Kruijssen A., Goossens H. et al. Evaluation of real-time PCR for detection of and discrimination between Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Bordetella holmesii for clinical diagnosis. Journal of Clinical Microbiology. 2003; 41(9): 4121-6.

Kosters K., Reischl U., Schmetz J., Riffelmann M., Wirsing von Konig C.H. Real-time LightCycler PCR for detection and discrimination of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis. Journal of Clinical Microbiology. 2002; 40(5): 1719-22.

Glare E. M., Paton J. C., Premier R. R., Lawrence A. J., Nisbet I. T. Analysis of a repetitive DNA sequence from Bordetella pertussis and its application to the diagnosis of pertussis using the polymerase chain reaction. Journal of Clinical Microbiology. 1990; 28(9): 1982-7.

van der Zee A., Agterberg C., van Agterveld M., Peeters M., Mooi F.R. Characterization of IS1001, an insertion sequence element of Bordetella parapertussis. Journal of Bacteriology. 1993; 175(1): 141-7.

Tatti K. M., Sparks K. N., Boney K. O., Tondella M. L. Novel multitarget real-time PCR assay for rapid detection of Bordetella species in clinical specimens. Journal of Clinical Microbiology. 2011; 49(12): 4059-66.

Rodgers L., Martin S.W., Cohn A., Budd J., Marcon M., Terranella A. et al. Epidemiologic and laboratory features of a large outbreak of pertussis-like illnesses associated with cocirculating Bordetella holmesii and Bordetella pertussis — Ohio, 2010-2011. Clinical Infectious Diseases. 2013; 56(3): 322-31.

Njamkepo E., Bonacorsi S., Debruyne M., Gibaud S.A., Guillot S., Guiso N. Significant finding of Bordetella holmesii DNA in nasopharyngeal samples from French patients with suspected pertussis. Journal of Clinical Microbiology. 2011; 49(12): 4347-8.

Mir-Cross A., Codina G., Martin-Gomez T.M., Fabrega A., Martinez X., Jane M. et al. Emergence of Bordetella holmesii as a causative agent of whooping cough, Barcelona, Spain. Emerging Infectious Diseases. 2017; 23(11): 1856-9.

Katfy K., Guiso N., Diawara I., Zerouali K., Slaoui B., Jouhadi Z. et al. Epidemiology of pertussis in Casablanca (Morocco): contribution of conventional and molecular diagnosis tools. BMS Infectious Diseases. 2017; 17(1): 348.

Kamiya H., Otsuka N., Ando Y., Odaira F., Yoshino S., Kawano K. et al. Transmission of Bordetella holmesii during pertussis outbreak, Japan. Emerging Infectious Diseases. 2012; 18(7): 1166-9.

Mooi F. R., Bruisten S., Linde I., Reubsaet F., Heuvelman K., van der Lee S. et al. Characterization of Bordetella holmesii isolates from patients with pertussis-like illness in Netherlands. FEMS Immunology and Medical Microbiology. 2012; 64(2): 289-91.

Fong W., Timms V., Holmes N., Sintchenko V. Detection and incidence of Bordetella holmesii in respiratory specimens from patients with pertussis-like symptoms in New South Wales, Australia. Pathology. 2018; 50(3): 322-6.

Bottero D., Griffith M.M., Lara C., Flores D., Pianciola L., Gaillard M.E. et al. Bordetella holmesii in children suspected of pertussis in Argentina. Epidemiology and infection. 2013; 141(4): 714-7.

Pittet L.F., Posfay-Barbe K.M. Bordetella holmesii: still emerging and elusive 20 years on. Microbiology Spectrum. 2016; 4(2).

Reischl U., Lehn N., Sanden G.N., Loeffelholz M.J. Real-time PCR assay targeting IS481 of Bordetella pertussis and molecular basis for detecting Bordetella holmesii. Journal of Clinical Microbiology. 2001; 39(5): 1963-6.

Ключевые слова