РАЗРАБОТКА И ПРИМЕНЕНИЕ НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ РНК ВОЗБУДИТЕЛЕЙ МЕЛИОИДОЗА И САПА НА ОСНОВЕ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ АМПЛИФИКАЦИИ (NASBA) В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ

Аннотация

Полиморфизм клинических проявлений мелиоидоза и сапа наряду с тяжёлым течением и высокой летальностью обусловливают необходимость совершенствования диагностических средств для обнаружения возбудителей данных заболеваний. Перспективность разработки диагностических наборов на основе реакции транскрипционной амплификации NASBA в режиме реального времени определяется высокой аналитической чувствительностью и возможностью осуществлять верификацию результатов других методов выявления патогенных буркхольдерий. Для разработки набора реагентов на основе технологии NASBA в реальном времени в качестве мишени амплификации выбран фрагмент гена 23S рРНК. Высокая специфичность сконструированных олигонуклеотидов экспериментально подтверждена при анализе широкого набора штаммов гетерологичных видов микроорганизмов и секвенированием нуклеотидных последовательностей амплифицированных фрагментов гена 23S рРНК. Аналитическая чувствительность разработанного набора реагентов позволила выявить Burkholderia pseudomallei и Burkholderia mallei в концентрации 1 × 101 м.к./мл в анализируемой пробе. Показаны высокие функциональные характеристики разработанной системы при исследовании проб биологического материала и возможность её использования для решения вопросов, связанных с получением дискордантных результатов при обнаружении патогенных буркхольдерий.

Об авторах

Список литературы

Perumal Samy R., Stiles B.G., Sethi G., Lim L.H.K. Melioidosis: Clinical impact and public health threat in the tropics. PLoS Negl.Trop. Dis. 2017; 11 (5): e0004738.

Princess I., Ebenezer R., Ramakrishnan N., Daniel A.K., Nandini S., Thirunarayan M.A. Melioidosis: An Emerging Infection with Fatal Outcomes. Indian J. Crit. Care Med. 2017; 21 (6): 397-400.

Van Zandt K.E., Greer M.T., Gelhaus H.C. Glanders: an overview of infection in humans. Orphanet J. of Rare Dis. 2013; 8: 131-7.

Онищенко Г.Г., Сандахчиев Л.С., Нетесов С.В., Мартынюк Р.А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза. Вестник Российской академии наук. 2003; 73 (3): 195-204

Cheng A.C., Dance D.A., Currie B.J. Bioterrorism, Glanders and melioidosis. Euro Surveill. 2005; 10 (3): E1-2.

Howard K., Inglis T.J.J. Novel selective medium for isolation of Burkholderia pseudomallei. J. Clin Microbiol. 2003; 41 (7): 3312-6.

Glass M.B., Beesley C.A., Wilkins P.P., Hoffmaster A.R. Comparison of four selective media for the isolation of Burkholderia mallei and Burkholderia pseudomallei. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2009; 80 (6): 1023-8.

Gilmore G., Barnes J., Ketheesan N., Norton R. Comparison of the use of Burkholderia thailandensis, B. cepacia and B. pseudomallei antigens in indirect haemagglutination assay for melioidisis. In: Abstracts of the 5th World Melioidosis Congress (21-23 november 2007), Thailand. 2007.

Sorenson A.E., Williams N.L., Morris J.L., Ketheesan N., Norton R.E., Schaeffer P.M. Improved diagnosis of melioidosis using a 2-dimensional immunoarray. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2013; 77 (3): 209-15.

Fykse E.M., Skogan G., Davies W., Olsen J.S., Blatny J.M. Detection of Vibrio cholerae by real-time nucleic acid sequence-based amplification. Appl. Environ. Microbiol. 2007; 73 (5): 1457-66.

Sidoti F., Bergallo M., Costa C., Cavallo R. Alternative molecular tests for virological diagnosis. Mol. Biotechnol. 2013; 53 (3): 352-62.

Maffert P., Reverchon S., Nasser W., Rozand C., Abaibou H. New nucleic acid testing devices to diagnose infectious diseases in resource-limited settings. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2017; 36 (10): 1717-31.

Fakruddin M., Mazumdar R.M., Chowdhury A., Mannan K.S.B. Nucleic acid sequence based amplification (NASBA) — prospects and applications. Int. J. Life Sci. Pharma. Res. 2012; 2: 106-21.

Cheng A.C, Currie B.J. Melioidosis: epidemiology, pathophysiology, and management. Clin. Microbiol. Rev. 2005; 18 (2): 383-416.

Smith M.D., Wuthiekanun V., Walsh A.L., White N.J. In-vitro activity of carbapenem antibiotics against beta-lactam susceptible and resistant strains of Burkholderia pseudomallei. J. Antimicrob. Chemother. 1996; 37 (3): 611-5.

Dance D. Treatment and prophylaxis of melioidosis. Int. J. Antimicrob. Agents. 2014; 43 (4): 310-18.

Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., ред. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней: Практическое руководство. 2-е изд., переработанное и дополненное. М.: ЗАО «Шико»; 2013.

Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. М.: Медиа Сфера; 2003.

Deiman B., van Aarle P., Sillekens P. Characteristics and applications of nucleic acid sequence based amplification (NASBA). Mol. Biotech. 2002; 20 (2): 163-79.

Karger A., Stock R., Ziller M., Elschner M.C., Bettin B., Melzer F et al. Rapid identification of Burkholderia mallei and Burkholderia pseudomallei by intact cell Matrix-assisted Laser Desorption/Ionisation mass spectrometric typing. BMC Microbiol. 2012; 12: 229.

Лопастейская Я.А., Молчанова Е.В., Шаров Т.Н., Кузютина Ю.А., Захарова И.Б., Викторов Д.В. и др. Применение времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF) для идентификации возбудителей сапа и мелиоидоза. Клиническая лабораторная диагностика. 2016; 61 (8): 502-7

Limmathurotsakul D., Peacock S.J. Melioidosis: a clinical overview. Br. Med. Bull. 2011; 99: 125-39.

Tomaso H., Pitt T.L., Landt O., Al Dahouk S., Scholz H.C., Reisinger E.C. et al. Rapid presumptive identification of Burkholderia pseudomallei with real-time PCR assays using fluorescent hybridization probes. Mol. Cell Probes. 2005; 19 (1): 9-20.

Meumann E.M., Novak R.T., Gal D., Kaestli M.E., Mayo M., Hanson J.P. et al. Clinical evaluation of a type III secretion system real-time PCR assay for diagnosing melioidosis. J. Clin. Microbiol. 2006; 44 (8): 3028-30.

Lowe C.W., Satterfield B.A., Nelson D.B., Thiriot J.D., Heder M.J., March J.K. et al. Quadruplex Real-Time PCR Assay for the Rapid Detection and Differentiation of the Most Relevant Members of the B. pseudomallei Complex: B. mallei, B. pseudomallei, and B. thailandensis. PLoS ONE. 2016; 11 (10): e0164006.

McAdam A.J. Discrepant analysis: how can we test a test? J. Clin. Microbiol. 2000; 38 (6): 2027-9.

Ключевые слова