РАЗРАБОТКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ КАЧЕСТВЕННОГО ОБНАРУЖЕНИЯ РНК ВИРУСА ВИЧ-1 МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ

Аннотация

Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) является актуальной проблемой здравоохранения не только в России, но и во всем мире. Существует множество методов диагностики вируса, хотя тест полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) на нуклеиновую кислоту РНК является хорошо зарекомендовавшим методом диагностики, он имеет некоторые недостатки. Большинство форм вируса ВИЧ имеют различные генетические изменения и могут продуцировать инфекционные вирионы с различной мутацией. Вирус иммунодефицита человека 1 типа (ВИЧ-1) является отличным типичным примером быстро адаптирующейся популяции, характеризующейся высоким разнообразием, сильным
отбором и рекомбинацией. Эволюция ВИЧ-1 в конечном итоге происходит внутри инфицированных людей. В связи с этим наблюдается возрастающая частота ложноотрицательных результатов. Существует острая необходимость в точном и быстром методе тестирования пациентов, официально подтвержденных по ВИЧ-статусу, так и бессимптомных людей для предотвращения передачи вируса и обеспечения своевременного лечения пациентов. В статье описывается разработка набора реагентов для выявления нуклеиновой кислоты РНК вируса ВИЧ-1 методом ПЦР-РВ, что позволит диагностировать пациентов на разных стадиях инфекции, определять эффективность проводимого антиретровирусного лечения. Общая диагностическая чувствительность разрабатываемого набора составляет 97 % – 99 %,
а специфичность – 100 %, взятых у 150 пациентов с подтверждённым и отрицательным результатом по ВИЧ. Данные демонстрируют потенциал использования внутреннего эндогенного образца (ЭВКО), использующего в качестве мишеней гены человека и позволяющий судить о наличие клеток человека в образце.

Об авторах

Список литературы

1. World Health Organization (HIV, Estimated number of people (all ages) living with HIV) 2023. Available at: https://www.who.int/ data/gho/data/indicators/indicator-details/GHO/estimated-numberof-people—living-with-hiv (accessed 2 April 2023).
2. Adamson C. S., Freed E. O. Human immunodeficiency virus type 1 assembly, release, and maturation. Advances in pharmacology (San Diego, Calif.). 2007; 55: 347–87. DOI: 10.1016/S1054-3589(07)55010-6.
3. Fauci A. HIV infection and AIDS. In: Principles of Internal Medicine Tinsley R. Harrison. Lane K., ed. Moscow: Praktika; 2005. (in Russian)
4. Fabio Z., Johanna B., Lina T., Christa L., Göran B., Jan A. et al. Population genomics of intrapatient HIV-1 evolution. eLife. 2015; 4:e11282. DOI: 10.7554/eLife.11282.
5. Li G., Piampongsant S., Faria N.R., Voet A., Pineda-Peña A-C., Khouri R. et al. An integrated map of HIV genome-wide variation from a population perspective. Retrovirology. 2015; 12(18): 1-17. DOI: 10.1186/s12977-015-0148-6.
6. Federal Service for Surveillance in Healthcare (Roszdravnadzor): state register of medical devices and organizations (individual entrepreneurs) engaged in the production and manufacture of medical devices (Reagent kit instructions “RealBest RNA Quantitative HIV»); 2023. Available at: https://www.roszdravnadzor.gov.ru/services/ misearch (accessed 16 March 2023). (in Russian)
7. Basic Local Alignment Search Tool 2023. Available at: https://blast. ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (accessed 10 March 2023).
8. Bezrodny S.L., Zhigaleva O.N., Mardanly S.G., Pomazanov V.V., Gashenko T.Yu. Development of a reagent kit for the qualitative detection of SARS-CoV-2 virus RNA in naso- and oropharyngeal swabs by real-time RT-PCR. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika.
2022; 67 (11): 663-7. DOI: 10.51620/0869-2084-2022-67-11-663-667. (in Russian)
9. Irina T., Jason H., Aijing S., Jaclyn C., Helen K., David C. et al. Multiplex RT-PCR Amplification of HIV Genes to Create a Completely Autologous DC-Based Immunotherapy for the Treatment of HIV Infection. PLoS ONE. 2008; 3(1): 1-10. DOI: 10.1371/journal.
pone.0001489.
10. van Snippenberg W., Gleerup D., Rutsaert S., Vandekerckhove L., De Spiegelaere W., Trypsteen W. Triplex digital PCR assays for the quantification of intact proviral HIV-1 DNA. Methods. 2022; 201: 41–8. DOI: 10.1016/j.ymeth.2021.05.006.
11. Zhigaleva O.N., Ermolaev I.I., Mardanly S.G., Gashenko T.Yu., Pomazanov V.V. Development of a reagent kit for the real-time detection of SARS-CoV-2 RNA in naso- and oropharyngeal smears by direct polymerase chain reaction. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika.
2022; 67 (12): 739-43. (in Russ.). DOI: 10.51620/0869- 2084-2022-67-12-739-743. (in Russian)
12. International Nucleotide Sequence Database Collaboration 2023. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ (accessed 01 March 2023).
13. Rebrikov D.V. Real-time PCR. Мoscow: Laboratoriya znaniy; 2015. (in Russian)
14. Cecilia M., Lisa O., Vicky O., Alan I., Christine K., Andreas G. et al. Development of a universal endogenous qPCR control for eukaryotic DNA samples. Plant. Methods. 2020; 16(53): 1-14. DOI:10.1186/s13007-020-00597-2.

Ключевые слова