РАЗРАБОТКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ РНК ВИРУСА SARS-COV-2 В НАЗО- И ОРОФАРИНГЕАЛЬНЫХ МАЗКАХ МЕТОДОМ ПРЯМОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ

Аннотация

Вспышка COVID-19 оказала серьезное влияние на клинические диагностические лаборатории. В связи с быстрым распространением и увеличением числа случаев заболевания, вызванным вирусом SARS-CoV-2, точные подходы, основанные на обнаружении нуклеиновых кислот, стали быстрой и надежной технологией обнаружения инфекционных агентов. Среди тестов на нуклеиновые кислоты метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) считается «золотым стандартом», а ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ) сегодня представляет большой интерес для обнаружения вируса SARS-CoV-2 из-за ее преимуществ в качестве специфического и простого качественного анализа.
Актуальность данного исследования очевидна, так как ПЦР обладает целым рядом преимуществ перед другими методами диагностики. Это специфичность, чувствительность, быстрота, прямое определение возбудителя в любом материале.

Об авторах

Список литературы

1. Rebrikov D.V. Real-time PCR. Мoscow: Laboratoriya znaniy; 2015. (in Russian)
2. Manual on Polymerase Chain Reaction (PCR) Basics / LLC «DNA-Technology TS». System requirements: Adobe Acrobat Reader. URL: https://www.dnatechnology.ru/sites/default/files/pcr_a5_083-4.pdf (accessed 11 July 2022). (in Russian)
3. Federal Service for Surveillance in Healthcare (Roszdravnadzor): state register of medical devices and organizations (individual entrepreneurs) engaged in the production and manufacture of medical devices. URL: https://roszdravnadzor.gov.ru/services/misearch (accessed 05 July 2022). (in Russian)
4. Basic Local Alignment Search Tool. Available at: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.
5. Park M., Won J., Choi B. Y., Lee C. J. Optimization of primer sets and detection protocols for SARS-CoV-2 of coronavirus disease 2019 (COVID-19) using PCR and real-time PCR. Experimental. molecular. medicine. 2020; 52(6): 963–77. DOI: 10.1038/s12276-020-0452-7.
6. Bruce E. A., Huang M. L., Perchetti G. A., Tighe S. Direct RT-qPCR detection of SARS-CoV-2 RNA from patient nasopharyngeal swabs without an RNA extraction step. PLoS biology. 2020; 18(10): 1-14. DOI: 10.1371/journal.pbio.3000896.
7. International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/.
8. Craig N., Fletcher S. L., Daniels A., Newman C. Direct Lysis RT-qPCR of SARS-CoV-2 in Cell Culture Supernatant Allows for Fast and Accurate Quantification. Viruses. 2022; 14(3): 508. DOI: 10.3390/v14030508.
9. Bruno A., de Mora D., Freire-Paspuel B., Rodriguez A.S., Paredes-Espinosa M.B. et al. Analytical and clinical evaluation of a heat shock SARS-CoV-2 detection method without RNA extraction for N and E genes RT-qPCR. Int. J. Infect. Dis. 2021; 109: 315–20.
DOI:10.1016/j.ijid.2021.06.038.
10. Merindol N., Pepin G., Marchand C., Rheault M. SARS-CoV-2 detection by direct rRT-PCR without RNA extraction. Journal of clinical virology: the official publication of the Pan American
Society for Clinical Virology. 2020; 128:1-4. DOI: 10.1016/j.jcv.2020.104423.
11. Yang B. H., Chung H. Y., Kao L. T., Jian M. J. Emergency SARSCoV-2 variants of concern: rapidly direct RT-qPCR detection without RNA extraction, clinical comparison, cost-effective, and high-throughput. Aging. 2022; 14(11): 4624–33. DOI: 10.18632/aging.204095.
12. Zhigaleva O.N., Ermolaev I.I., Mardanly S.G., Gashenko T.Yu. Analysis of the domestic market for COVID-19 diagnostic kits by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika. 2022; 67(11): 672-7.
DOI:10.51620/0869-2084-2022-67-11- 672-677. (in Russian

Ключевые слова