Аннотация
Цель работы – сравнительный анализ трех методов идентификации грибов рода Candida: с помощью хромогенного агара,
баканализатора Vitek 2 Compact 30, масс-спектрометра MicroFlex.
Материал и методы. Исследовано 106 штаммов дрожжевых грибов, выделенных из респираторных образцов больных пнев-
монией и аутопсийных проб при болезни с летальным исходом в 2022 – 2023 годах.
Результаты. Первоначальная скрининговая идентификация проведена на HiCrome агаре, в результате чего все 106 изолятов
разделены на 4 вида Candida (C. albicans – 54,7%, Nakaseomyces glabrata (C. glabrata) – 16,0%, Pichia kudriavzevii (C. krusei)
– 12,3%, C. tropicalis – 11,3%) и изоляты с сомнительной таксономической принадлежностью (5,7%). Последующая иденти-
фикация с помощью баканализатора Vitek 2 Compact 30 и масс-спектрометра MicroFlex показала сходимость результатов
для C. albicans: 93,7 – 96,6%, дополнительно выявлены с помощью двух уточняющих методов C. dubliniensis и Clavispora
lusitaniae (Candida lusitaniae). Сходимость результатов для N. glabrata (C. glabrata): 41,7 – 41,2%, дополнительно выявлены
виды Kluyveromyces marxianus, P. kudriavzevii (ранее известные как C. kefyr и C. krusei соответственно), C. inconspicua. Для
P. kudriavzevii (C. krusei) сходимость результатов: 55,6 – 69,2%, дополнительно выявлены виды C. tropicalis, K. marxianus (C.
kefyr), C. dubliniensis, C. inconspicua. Для C. tropicalis сходимость результатов равна 100%.
Выводы. Скрининговый метод идентификации грибов рода Candida на хромогенном агаре наиболее надежен для C. albicans
и C. tropicalis. В уточняющей идентификации нуждаются изоляты N. glabrata (C. glabrata) и P. kudriavzevii (C. krusei). До-
полнительное использование баканализатора Vitek 2 Compact 30 и масс-спектрометра MicroFlex позволило в 14,1% случаев
выявить участие грибов Candida non-аlbicans в развитии пневмоний. В 1,9% случаев выявлены грибы, не относящиеся к роду
Candida.
Annotation
The purpose of the work is a comparative analysis of three methods for identifying fungi of the genus Candida: using chromogenic
agar, a Vitek 2 Compact 30 bacterial analyzer, and a MicroFlex mass spectrometer.
Material and methods. We studied 106 strains of yeast fungi isolated from respiratory samples of patients with pneumonia and
autopsy samples from a fatal disease in 2022–2023. Results. Initial screening identification was carried out on HiCrome agar, as a
result of which all 106 isolates were divided into 4 Candida species (C. albicans — 54.7%, Nakaseomyces glabrata (C. glabrata) —
16.0%, Pichia kudriavzevii (C. krusei) — 12.3%, C. tropicalis – 11.3%) and isolates with questionable taxonomic affiliation (5.7%).
Subsequent identification using Vitek 2 Compact 30 bacterial analyzer and MicroFlex mass spectrometer showed the convergence
of results for C. albicans: 93.7 – 96.6%; C. dubliniensis and Clavispora lusitaniae (Candida lusitaniae) were additionally identified
using two clarifying methods. Convergence of results for N. glabrata (C. glabrata): 41.7 – 41.2%, additionally identified species
were Kluyveromyces marxianus, P. kudriavzevii (previously known as C. kefyr and C. krusei, respectively), C. inconspicua. For P.
kudriavzevii (C. krusei), the convergence of results: 55.6 – 69.2%, additionally identified species were C. tropicalis, K. marxianus (C.
kefyr), C. dubliniensis, C. inconspicua. For C. tropicalis, the convergence of results is 100%.
Conclusions. The screening method for identifying fungi of the genus Candida on chromogenic agar is most reliable for C. albicans
and C. tropicalis. Isolates of N. glabrata (C. glabrata) and P. kudriavzevii (C. krusei) require further identification. The additional use
of Vitek 2 Compact 30 bacterial analyzer and MicroFlex mass spectrometer made it possible to identify the involvement of Candida
non-albicans fungi in the development of pneumonia in 14.1% of cases. In 1.9% of cases, fungi not belonging to the genus Candida
were detected.
Key words: yeast fungi; identification; chromogenic agar; bacterial analyzer Vitek 2; MALDI- TОF mass spectrometry
Список литературы
Л И Т Е РАТ У РА ( П . П . 8 – 1 8 , 2 1 , 2 2 С М . R E F —
E R E NC E S )
1. Анисимова А. С., Полеева М. В., Аронова Н. В., Цимбалистова
М.В., Павлович Н.В. Особенности идентификации грибов рода
Candida с помощью масс-спектрометрического анализа (MALDITOF
MS). Клиническая лабораторная диагностика. 2022; 67(4):
244-9. DOI: 10.51620/0869-2084-2022-67-4-244-249.
2. Анисимова А. С., Аронова Н. В., Полеева М. В. Идентификации
дрожжей рода Candida и других дрожжеподобных грибов с помо-
щью масс-спектрометрического анализа (MALDI-TOF MS). Бак-
териология. 2021; 6(3): 16-7.
3. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О.,
Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной
микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией
в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии
COVID-19 (май–июнь 2020 г.). Проблемы особо опасных инфек-
ций. 2020; 3: 43-9. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-43-49.
4. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев
Е.В., Чемисова О.С. и др. Особенности этиологии внебольничных
пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Проблемы особо опас-
ных инфекций. 2020; 4: 99-105. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-4-
99-105.
5. Акимкин В.Г., Тутельян А.В., Шулакова Н.И. Микологический
айсберг: современные сдвиги в эпидемиологии микозов. Инфек-
ционные болезни. 2022; 20(1): 120-6. DOI: 10.20953/1729-9225-
2022-1-120-126.
6. Муравьева В.В., Припутневич Т.В., Завьялова М.Г., Анкирская
А.С., Ильина Е.Н. Сравнительная оценка видовой идентификации
вагинальных изолятов дрожжевых грибов методом MALDI-TOF
MS и традиционными (биохимическим и фенотипическим) мето-
дами. Клиническая микробиология и антимикробная химиотера-
пия. 2014; 16 (1): 10-7.
7. Мальчикова А.О., Клясова Г.А. In house метод ускоренной иден-
тификации грибов из положительной гемокультуры с помощью
матричной лазерной десорбционной ионизационной времяпро-
летной масс-спектрометрии у больных с инфекцией кровотока.
Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия.
2022; 24(2): 171-9. DOI: 10.36488/cmac.2022.2.171-179.
19. Бочарова Ю.А., Чеботарь И.В., Маянский Н.А. Возможности,
проблемы и перспективы масс-спектрометрических технологий в
медицинской микробиологии (обзор литературы). Клиническая ла-
бораторная диагностика. 2016; 61(4): 249-56. DOI: 10.18821/0869-
2084-2016-61-4-249-256.
20. Суркова Р. С., Шаров Т. Н., Половец Н. В., Липницкий А. В., Му-
ругова А. А. Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для
идентификации возбудителей микозов. Иммунопатология, аллер-
гология, инфектология. 2021; 3: 73. DOI: 10.14427/jipai.2021.3.73.
23. Веселов А.В. Изменения в номенклатуре патогенных для челове-
ка микромицетов. Клиническая микробиология и антимикробная
химиотерапия. 2022; 24(4): 292-4. DOI: 10.36488/cmac.2022.4.292-
294.
24. Багирова Н. С., Дмитриева Н. В. Сравнительная оценка идентифи-
кации дрожжеподобных грибов различными методами в условиях
онкологической клиники. Вопросы биологической, медицинской и
фармацевтической химии. 2014; 8: 53-8.
25. Криворутченко Ю. Л., Кирсанова М. А., Постникова О. Н., Андро-
новская И. Б., Шейко Е. А. Полирезистентность к флуконазолу,
амфотерицину В и антисептику мирамистину у дрожжевых гри-
бов рода Candida, выделенных в Крыму от пациентов с различ-
ной патологией. Иммунопатология, аллергология, инфектология.
2021; 3: 79. DOI: 10.14427/jipai.2021.3.79.
R E F E R E NC E S
1. Anisimova A.S., Poleeva M.V., Aronova N.V., Tsimbalistova M.V.,
Pavlovich N.V. Pecularities of candida yeast identification by mass
spectrometric analysis (maldi-tof ms). Klinicheskaya Laboratornaya
Diagnostika. 2022; 67(4): 244-9. DOI: 10.51620/0869-2084-2022-
67-4-244-249. (in Russian)
2. Anisimova A.S., Aronova N.V., Poleeva M.V. Identification of Candida
yeast and other yeast-like fungi using mass spectrometric analysis
(MALDI-TOF MS). Bakteriologiya. 2021; 6(3): 16-7. (in Russian)
3. Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Kotova V.O.,
Butakova L.V., Bazykina E.A. Characteristics of Bacterial Microflora
Isolated from Sputum of Patients with Pneumonia Registered
in Khabarovsk City and Khabarovsk Territory in the Initial Period of
COVID-19 Pandemic in May–June, 2020. Problemy osobo opasnykh
infektsiy. 2020; 3: 43-9. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-43-49.
(in Russian)
4. Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Noskov A.K., Kovalev
E.V., Chemisova O.S. еt al. Features of Etiology of Community-
Acquired Pneumonia Associated with COVID-19. Problemy osobo
opasnykh infektsiy. 2020; 4: 99-105. DOI: 10.21055/0370-1069-
2020-4-99-105. (in Russian)
5. Akimkin V.G., Tutelyan A.V., Shulakova N.I. Medical mycological
iceberg: recent trends in the epidemiology of mycoses. Infektsionnye
bolezni. 2022; 20(1): 120-6. DOI: 10.20953/1729-9225-2022-1-120-
126. (in Russian)
6. Muravyova V.V., Priputnevich T.V., Zavyalova M.G., Ankirskaya
A.S., Il`ina E.N. Comparative assessment of types of identification
of vaginal yeast isolates using MALDI-ToF MS and long-term (biochemical
and phenotypic) methods. Klinicheskaya mikrobiologiya i
antimikrobnaya khimioterapiya. 2014; 16 (1): 10-7. (in Russian)
7. Malchikova A.O., Klyasova G.A. In house method for rapid
identification of fungi from fungus-positive bottles by MALDIToF
mass spectrometry in patients with bloodstream infection.
Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya.
2022; 24(2): 171-9. DOI: 10.36488/cmac.2022.2.171-179. (in
Russian)
8. Chen S.C., Marriott D., Playford E.G. Candidaemia with uncommon
Candida species: predisposing factors, outcome, antifungal
susceptibility, and implications for management. Clin. Microbiol.
Infect. 2009; 15: 662-9 DOI: 10.1111/j.1469-0691.2009.02821.x.
9. Walsh T. J., Groll A., Hiemenz J., Fleming R., Roilides E., Anaissie
E. Infections due to emerging and uncommon medically important
fungal pathogens. Clin. Microbiol. Infect. 2004; 10 (Suppl. 1): 48-66.
DOI: 10.1111/j.1470-9465.2004.00839.x.
10. Miceli M.H., Díaz J.A., Lee S.A. Emerging opportunistic yeast
infections. Lancet Infect. Dis. 2011; 11 (2): 142-51. DOI: 10.1016/
S1473-3099(10)70218-8.
11. Sanguinetti M., Porta R., Sali M., et al. Evaluation of VITEK 2 and
RapID Yeast Plus systems for yeast species identification: experience
at a large clinical microbiology laboratory. J. Clin. Microbiol. 2007;
45: 1343-6. DOI: 10.1128/JCM.02469-06.
12. Massonet C., Eldere J.V., Vaneechoutte M., DeBaere T., Verhaegen J.,
and Lagrou K. Comparison of VITEK 2 with ITS2-fragment length
polymorphism analysis for identification of yeast species. J. Clin.
Microbiol. 2004; 42(5): 2209-11. DOI: 10.1128/JCM.42.5.2209-
2211.2004.
13. Lau A., Chen S., Sorrell T., et al. Development and clinical application
of a panfungal PCR assay to detect and identify fungal DNA in
tissue specimens. J. Clin. Microbiol. 2007; 45: 380-5. DOI: 10.1128/
JCM.01862-06.
14. Montero C. I., Shea Y.R., Jones P.A., et al. Evaluation of pyrosequencing
technology for the identification of clinically relevant non-dematiaceous
yeasts and related species. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis.
2008; 27: 821-30. DOI: 10.1007/s10096-008-0510-x.
15. Marklein M., Josten U., Klanke E., et al. Matrix-assisted laser desorption
ionization-time of flight mass spectrometry for fast and reliable
identification of clinical yeast isolates. J. Clin. Microbiol. 2009;
47(9): 2912-7. DOI: 10.1128/JCM.00389-09.
16. Stevenson L.G., Drake S.K., Shea Y.R., Zelazny A.M., and Murray
P.R. Evaluation of matrix-assisted laser desorption/ionization timeof-
flight mass spectrometry (MALDI-TOF) for the identification of
clinically important yeast species. J. Clin. Microbiol. 2010; 48: 3482-
6. DOI: 10.1128/JCM.00687-09.
17. Dhiman N., Hall L., Wohlfiel S.L., Buckwalter S.P., and. Wengenack
N.L. Performance and cost analysis of matrix-assisted laser desorption
ionization-time of flight mass spectrometry for routine identification
of yeast. J. Clin. Microbiol. 2011; 49(4): 1614-6. DOI: 10.1128/
JCM.02381-10.
18. van Veen S. Q., Claas E.C., and Kuijper E. J. Highthroughput identification
of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption
ionization time of flight mass spectrometry in conventional medical
microbiology laboratories. J. Clin. Microbiol. 2010; 48: 900-7. DOI:
10.1128/JCM.02071-09.
19. Bocharova Yu.A., Chebotar I.V., Mayansky N.A. The possibilities,
problems and perspectives of mass spectrometry in medical microbiology:
publications review. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika.
2016; 61(4): 249-56. DOI: 10.18821/0869-2084-2016-61-4-249-
256. (in Russian)
20. Surkova R. S., Sharov T. N., Polovets N. V., Lipnitsky A. V., Murugova
A. A. The use of MALDI-TOF mass-spectrometry for the identification
of pathogens of mycoses. Immunopatologiya, allergologiya, infektologiya.
2021; 3: 73. DOI: 10.14427/jipai.2021.3.73. (in Russian)
21. Patel R. A Moldy Application of MALDI: MALDI-ToF Mass Spectrometry
for Fungal Identification. Journal of Fungi. 2019; 5(1): 4.
DOI: 10.3390/jof5010004.
22. Kidd S. E., Abdolrasouli A., Hagen F. “Fungal Nomenclature: Managing
Change is the Name of the Game.” Open forum infectious diseases.
2023; 10(1): 559. DOI: 10.1093/ofid/ofac559.
23. Veselov A.V. Changes in the nomenclature of human pathogenic
micromycetes. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya.
2022; 24(4): 292-4. DOI: 10.36488/cmac.2022.4.292-
294. (in Russian)
24. Bagirova N. S., Dmitriyeva N. V. Evaluation of yeasts identification
by different methods in oncology clinic. Voprosy biologicheskoy,
meditsinskoy i farmatsevticheskoy khimii. 2014; 8: 53-8. (in Russian)
25. Krivorutchenko Yu. L., Kirsanova M. A., Postnikova O. N., Andronovskaya
I. B., Sheiko E. A. Multidrug resistance to fluconazole,
amphotericin b and antiseptic miramistin in Candida fungi isolated
from patients with various pathologies in Crimea. Immunopatologiya,
allergologiya, infektologiya. 2021; 3: 79. DOI: 10.14427/jipai.
2021.3.79. (in Russian)