ТЕХНОЛОГИЯ ПРЯМОЙ ПЦР ПРИ ВЫЯВЛЕНИИ GARDNERELLA VAGINALIS
Doi: 10.51620/0869-2084-2024-69-12-686-692 ISSN: 0869-2084 (Print) ISSN: 2412-1320 (Online)
Посмотреть или загрузить статью
Аннотация
Введение. Для ускоренного получения качественного результата при выявлении ДНК Gardnerella vaginalis разработана но-
вая технология постановки реакции амплификации – прямая ПЦР (direct polymerase chain reaction), при которой исключает-
ся предварительный этап экстракции и очистки ДНК возбудителя – образец непосредственно добавляется к реакционной
ПЦР-смеси.
Цель исследования — апробация инновационной технологии прямой ПЦР для выявления ДНК Gardnerella vaginalis при клини-
ческой лабораторной диагностике или быстрого получения ампликонов с целью последующего исследования нуклеотидных
последовательностей.
Материал и методы. Использованы информационные базы в Интернете, содержащие сведения о генах ДНК Gardnerella
vaginalis; стандартные реагенты и 120 клинических образцов, содержавших Gardnerella vaginalis. Анализ нуклеотидных по-
следовательностей проведён с помощью AlignX; специфичность олигонуклеотидов оценена с помощью BLAST.
Результаты и обсуждение. Эффективность разработанных условий постановки прямой ПЦР сопоставлена с результа-
тами исследования в ПЦР предварительно выделенной и очищенной ДНК (с новыми посчитанными олигонуклеотидами и
набором реагентов сравнения «РеалБест ПЦР-12 ИППП»). Выявляемость ДНК Gardnerella vaginalis при исследовании 120
клинических образцов составила в прямой ДНК — 96,7%, в классической ПЦР с предварительно выделенной и очищенной
ДНК с новыми разработанными условиями постановки и с набором реагентов сравнения – по 98,3%. Заключение. Новая
ускоренная технология прямой ПЦР успешно апробирована, она может быть рекомендована для качественной диагностики
ДНК Gardnerella vaginalis. Условия применения новой технологии будут совершенствоваться и будут апробированы на воз-
будителях иных ИППП.
Annotation
Introduction. To accelerate the production of high–quality results in the detection of Gardnerella vaginalis DNA, a new technology for
setting up an amplification reaction was developed – direct PCR (direct polymerase chain reaction), which eliminates the preliminary
stage of extraction and purification of the DNA of the pathogen — the sample is directly added to the reaction PCR mixture.
Purpose of the study. Testing of innovative direct PCR technology for the detection of Gardnerella vaginalis DNA in clinical laboratory
diagnostics or rapid production of amplicons for subsequent study of nucleotide sequences.
Material and methods. Information bases on the Internet containing information about the genetic composition of Gardnerella
vaginalis DNA were used; standard reagents and 120 clinical samples containing Gardnerella vaginalis. The analysis of nucleotide
sequences was performed using AlignX; the specificity of oligonucleotides was evaluated using BLAST. Discussions and results.
The effectiveness of the developed conditions for direct PCR was compared with the results of a PCR study of pre-isolated and
purified DNA (with newly counted oligonucleotides and a set of «RealBest PCR-12 STI» comparison reagents). The detectability of
Gardnerella vaginalis DNA in the study of 120 clinical samples was 96.7% in direct DNA and 98.3% in classical PCR with pre-isolated
and purified DNA with newly developed staging conditions and with a set of comparison reagents.
Conclusion. The new direct PCR technique has been successfully tested and is suitable for qualitative diagnosis of the presence of
Gardnerella vaginalis DNA. The technology will be improved and tested on other STIs.
Key words: PCR; direct PCR; nucleic acid isolation; STI; Gardnerella vaginalis
Для цитирования:
Ильин И.И., Марданлы С.Г., Марданлы А.Г., Ротанов С.В. Технология прямой ПЦР при выявлении
Gardnerella vaginalis. Клиническая лабораторная диагностика. 2024; 69 (12): 686-692.
DOI: https://doi.org/10.51620/0869-2084-2024-69-12-686-692
EDN: CIKDON
For citation:
Ilyin I.I., Mardanly S.G., Mardanly A.G., Rotanov S.V. Direct PCR technology for the detection of Gardnerella
vaginalis. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika (Russian Clinical Laboratory Diagnostics). 2024; 69 (12): 686-692 (in Russ.).
DOI: https://doi.org/10.51620/0869-2-84-2024-69-12-686-692
EDN: CIKDON