ИДЕНТИФИКАЦИЯ STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ ПРЯМОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ 16S РРНК И MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

ISSN: 0869-2084 (Print) ISSN: 2412-1320 (Online)

Посмотреть или загрузить статью

Читать

Аннотация Об авторах Список литературы Ключ. слова

Аннотация

Внутригоспитальные, или внутрибольничные инфекции - одна из наиболее серьезных проблем медицины, особенно при наличии у пациентов фоновой иммуносупрессии различного генеза, обусловленной как самим заболеванием, так и соответствующей терапией. Для выбора адекватной терапии не только необходимо установление наличия инфекции, но также идентификация возбудителя и определение его резистентности. При этом высокая гетерогенность штаммов и множественная резистентность нозокомиальных инфекций к антибиотикам и антимикробным химиопрепаратам, стандартизация антибактериальной профилактики и ряд других причин становятся препятствием не только для определения лекарственной чувствительности бактерии, но и для самой идентификации патогена у пациента. Одним из наиболее сложных в антибактериальной терапии патогенов, вызывающих гнойно-септические заболевания, служат бактерии рода Stenotrophomonas spp., единственный клинически значимый вид которых - Stenotrophomonas maltophilia - обладает первичной множественной антибиотикорезистентностью. Очевидна значимость ранней идентификации S. maltophilia. При использовании MALDI-ToF масс-спектрометрии показано сокращение времени видовой идентификации первичной бактериальной культуры до 1-2 ч, включая пробоподготовку и анализ полученных спектров. При использовании секвенирования 16S рРНК показано сокращение общего времени видовой идентификации патогена из клинического образца (крови) до 10-12 ч, включая пробоподготовку и сравнение с последовательностями, представленными в международной базе данных. Данный метод позволяет исключить из анализа длительный этап получения чистой гемокультуры возбудителя. Использование секвенирования 16S рРНК и MALDI-ToF масс-спектрометрии в качестве альтернативных высокоточных методов сокращает время идентификации бактерий, в том числе позволяя выявить возбудитель непосредственно в крови пациента, таким образом оптимизируя комплексное лечение и сокращая время подбора адекватной терапии, что особенно важно для онкологических больных, поскольку чувствительность культуральных методов может быть снижена вследствие профилактической антибиотикотерапии.

Об авторах

Останкова Юлия Владимировна

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера Роспотребнадзора 197101, Санкт-Петербург shenna1@yandex.ru

Список литературы

Акимкин В.Г., Музыченко Ф.В. Профилактика внутрибольничных инфекций в лечебнопрофилактических учреждениях Министерства обороны Российской Федерации. Военномедицинский журнал. 2007; 328 (9): 51-6.

Зубков М.Н. Неферментирующие бактерии: классификация, общая характеристика, роль в патологии человека. Идентификация Pseudomonas spp. и сходных микроорганизмов. Инфекции и антимикробная терапия. 2003; 5 (1): 1-16.

Каргальцева Н.М. Способ диагностики бактериемии. Патент РФ № 2098486; 1995.

Каргальцева Н.М., Кочеровец В.И., Кафтырева Л.А., Пастушенков В.Л., Колосовская Е.Н., Кучеренко Е.В. и др. Микробиологические методы диагностики инфекции кровотока. СПб.; 2010.

Козлов Р.С. Нозокомиальные инфекции: эпидемиология, патогенез, профилактика, контроль. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000; 2 (2): 16-30.

Онищенко Г.Г. Письмо Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 2 октября 2007 г. № 0100/9938-07-32 «О заболеваемости ВБИ в Российской Федерации». М.; 2007.

Организация лечебного процесса и особенности лечения внутрибольничных инфекций — Комплексный и индивидуальный подходы к терапии ВБИ. Этиотропная, патогенетическая, симптоматическая и иммунотерапия ВБИ. 17.08.2012. Available at: https://bolezni.by/vnutribolnichnye-infektsii/158-organizatsiya-lechebnogo-protsessa-i-osobennosti-lecheniya-vnutribolnichnykh-infektsij.

Покровский В.И., Семина Н.А., Ковалева Е.П. Эпидемиология и профилактика внутрибольничных инфекций в Российской Федерации. Стерилизация и госпитальные инфекции. 2006; (1): 8-11.

Denton M., Kerr K.G. Microbiological and clinical aspects of infection associated with Stenotrophomonas maltophilia. Clin. Microbiol. Rev. 1998; 11 (1): 57-80.

Dubberke E.R., Gerding D.N., Classen D. Strategies to prevent clostridium difficile infections in acute care hospitals. Infect. Control Hosp. Epidemiol. 2008; 29 (Suppl. 1): 81-92.

Gales A.C., Jones R.N., Forward K.R., Linares J., Sader H.S., Verhoef J. Emerging importance of multidrug-resistant Acinetobacter species and Stenotrophomonas maltophilia as pathogens in seriously ill patients: Geographic patterns, epidemiological features, and trends in the Sentry antimicrobial surveillance program (1997-1999). Сlin. Infect. Dis. 2001; 32 (Suppl. 2): S104-13.

Guembe M., Marín M., Martín-Rabadán P., Echenagusia A., Camúñez F., Rodríguez-Rosales G. et al. Use of universal 16S rRNA gene PCR as a diagnostic tool for venous access port-related bloodstream infections. J. Clin. Microbiol. 2013; 51 (3): 799-804.

Ключевые слова

#MALDI-TOF масс-спектрометрия #внутрибольничные инфекции #секвенирование 16S рРНК