Опыт использования Rep- и RAPD-полимеразной цепной реакции для эпидемиологической характеристики нозокомиальных изолятов Pseudomonas aeruginosa

ISSN: 0869-2084 (Print) ISSN: 2412-1320 (Online)

Посмотреть или загрузить статью

Читать

Аннотация Об авторах Список литературы Ключ. слова

Аннотация

В работе представлена сравнительная оценка диагностической значимости методов Rep- и RAPD-полимеразной цепной реакции (ПЦР) при генотипировании клинических изолятов Pseudomonas aeruginosa. Штаммы выделены из стационаров различных лечебно-профилактических учреждений (ЛПУ) взрослой (8 ЛПУ; n = 145) и педиатрической (5 ЛПУ; n = 151) сети. Результаты исследования показали различную разграничивающую способность трех реакций: индекс дискриминации Симпсона составил 0,993, 0,875 и 0,639 для RAPD-, ERIC- и ВОХ-ПЦР соответственно. RAPD-ПЦР позволяет выявлять индивидуальные особенности штаммов. Из двух вариантов Rep-ПЦР показано преимущество ERIC-ПЦР, причем только с одним праймером ERIC2. BOX-ПЦР имеет наименьшую дискриминирующую способность при типировании изолятов P. aeruginosa, устанавливая только видовые особенности. Клинические штаммы P. aeruginosa распределились на 24 геномогруппы, 52 изолята имели индивидуальные генотипы. Оценивая результаты генотипирования, можно говорить о сходстве тенденций распространенности штаммов P. aeruginosa среди госпитализированных взрослых и подростков и своеобразии выявления в неонатальной клинике. Очевидно, что стационары разного профиля, включая отделения реанимации и интенсивной терапии, представляют специфическую экологическую среду, существенно различающуюся по уровню эндо- и экзогенного инфицирования.

Об авторах

Кузнецова Марина Валентиновна

Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения РАН; ГБОУ ВПО «Пермская государственная медицинская академия им. акад. Е.А. Вагнера» Минздрава России 614081, Пермь, ул. Голева, 13 науч. сотр. mar@iegm.ru

Список литературы

Быстрова О.В., Линднер Б., Моль X., Кочарова Н.А., Шашков А.С., Книрель Ю.А. и др. Полное строение липополисахарида Pseudomonas aeruginosa иммунотипа 5. Биохимия. 2004; 69: 211-7.

Козлов Р.С. Нозокомиальные инфекции: эпидемиология, патогенез, профилактика, контроль. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000; 2 (1): 16-30.

Кузнецова М.В., Карпунина Т.И., Николаева Н.В., Чепурная И.М., Авдеева Н.С., Проворова С.В. Pseudomonas aeruginosa в спектре микробных культур, изолируемых от пациентов различных стационаров. Альманах клинической медицины. 2012; 27: 50-7.

Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничной инфекции. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000; 2 (3): 82-95.

Щербо С.Н., Тогузов Р.Т. Современные генетические технологии в лабораторной медицине. Клиническая лабораторная диагностика. 2008; 9: 41.

Curran B., Jonas D., Grundmann H., Pitt Т., Dowson C.G. Development of a multilocus sequence typing scheme for the opportunistic patho-gen Pseudomonas aeruginosa. J. Clin. Microbiol. 2004; 42 (12): 5644-9.

Dawson S.L., Fry J.C., Dancer B.N. A comparative evaluation of five typing techniques for determining the diversity of fluorescent pseudomonads. J. Microbiol. Methods. 2002; 50: 9-22.

Feltman H., Schulert G., Khan S., Jain M., Peterson L., Hauser A. R. Prevalence of type III secretion genes in clinical and environmental isolates of Pseudomonas aeruginosa. Microbiology. 2001; 147: 2659-69.

Huey B., Hall J. Hypervariable DNA fingerprinting in Escherichia coli: minisatellite probe from bacteriophage M13. J. Bacteriol. 1989; 171 (5): 2528-32.

Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of index of diversity typing systems: an application of Simpson’s. J. Clin. Microbiol. 1988; 26 (11): 2465.

Lanyi B., Lantos J. Antigenic changes in Pseudomonas aeruginosa in vivo and after lysogenization in vitro. Acta Microbiol. Hung. 1976; 23: 337-51.

Ключевые слова

#RAPD-ПЦР #Rep-ПЦР #индекс дискриминации Симпсона