РЕДКИЕ ВИДЫ В СТРУКТУРЕ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ КЛИНИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА

Аннотация

Приведены данные о структуре кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales и редких видах, выделенных и идентифицированных с использованием различных методов. В исследование включены штаммы нетуберкулезных микобактерий (НТМ), выделенные из клинического материала при обследовании на туберкулёз в период с 2016 по 2019 годы. Общее количество образцов, с признаками роста НТМ, составило 316 проб. Первичное выделение на средах Левенштейна-Йенсена, Финн II, MGIT и идентификация НТМ методом ДНК-гибридизации. Все штаммы, которые не идентифицированные до вида и культуры, определённые как микроорганизмы с высоким содержанием G+C (High GC GR+) реидентифицированы с использованием MALDI-ToF масс-спектрометра Microflex LT (Bruker®). Методом ДНК-гибридизации успешно идентифицировано до вида 188 штаммов, выделенных НТМ, что составило 59,5% от всех выделенных культур. Среди выделенных видов преобладали представители медленнорастущих НТМ (M. avium complex, M. gordonae, M. kansasii), которые составили в совокупности 67,0% от всех идентифицированных до вида штаммов НТМ. Среди культур, для которых методом ДНК-гибридизации не удалось провести приемлемую идентификацию оказались преимущественно НТМ, среди которых доминировали M. gordonae, M. avium, M. kansasii. Ряд НТМ представлены редкими видами: M. iranicum и M. pseudoshottsii. Среди данной группы микроорганизмов выделены другие кислотоустойчивые аэробные актиномицеты, в том числе имеющие потенциальное клиническое значение: Gordonia spp., Tsukamurella spp., Rhodococcus spp., Nocardia spp. При идентификации культур, с высоким содержанием Г+Ц выявлено наибольшее количество микробных ассоциаций, в том числе состоящих из двух видов НТМ (M. monacense + M. flavescens, M. avium + M. kansasii), ассоциации M. gordonae со стафилококками. В эту же группу попали редкие виды НТМ: M. fredericbergense, M. szulgai, M. malmoense, M. bohemicum, M. septicum, представители родов Nocardia, Gordonia, Tsukamurella.