Аннотация
Многие патологические состояния сопровождаются характерными изменениями профиля в клетках микроРНК — малых молекул, которые регулируют экспрессию генов на посттранскрипционном уровне. Это даёт возможность рассматривать микроРНК как перспективный класс биологических маркёров. Осуществлено прямое сравнение трёх методов проведения ОТ-ПЦР (s-Loop, u-Elong и 2-Tail) для анализа микроРНК с применением синтетического аналога микроРНК-451 для определения эффективности детекции молекул микроРНК и проведён анализ профиля миРНК-29b, миРНК-375 и миРНК-451 в стабильных клеточных линиях OAW42 и HT29. Методами 2-Tail и s-Loop также был проведён анализ семи разых микроРНК в 13 клинических образцах. Результаты показывают, что в подходах 2-Tail и s-Loop проведение ОТ-ПЦР демонстрирует высокую воспроизводимость результатов анализа микроРНК и линейную зависимость эффективности детекции синтетической микроРНК-451 в диапазоне 107-103 молекул на реакцию. По ряду значимых критериев две технологии оказались относительно равноценными, т.е. обе могут быть использованы в качестве основы для метода клинической диагностики.
Список литературы
Fabbri M., Croce C.M., Calin G.A. MicroRNAs. Cancer journal. 2008; 14 (1): 1-6.
Sethi S., Sethi S., Bluth M.H. Clinical Implication of MicroRNAs in Molecular Pathology: An Update for 2018. Clinics in laboratory medicine. 2018; 38 (2): 237-51.
Peng Y., Croce C.M. The role of microRNAs in human cancer. Signal transduction and targeted therapy. 2016; 1: 15004.
Sharma N., Baruah M.M. The microRNA signatures: aberrantly expressed miRNAs in prostate cancer. Clinical and translational oncology. 2018.
Nikiforov Y.E. Role of Molecular Markers in Thyroid Nodule Management: Then and Now. Endocrine practice : official journal of the American College of Endocrinology and the American Association of Clinical Endocrinologists. 2017; 23 (8): 979-88.
Feng H., Xu M., Zhang Y., Han B., Wang J., Sun P. Identification of Differentially Expressed MicroRNAs involved in the Pathogenesis of Colorectal Cancer. Clinical laboratory. 2018; 64 (5): 797-804.
Ranade A.R., Weiss G.J. Methods for microRNA microarray profiling. Methods in molecular biology. 2011; 700: 145-52.
Liu J., Jennings S.F., Tong W., Hong H. Next generation sequencing for profiling expression of miRNAs: technical progress and applications in drug development. Journal of biomedical science and engineering. 2011; 4 (10): 666-76.
Benes V., Castoldi M. Expression profiling of microRNA using real-time quantitative PCR, how to use it and what is available. Methods. 2010; 50 (4): 244-9.
Deng R., Zhang K., Li J. Isothermal Amplification for MicroRNA Detection: From the Test Tube to the Cell. Accounts of chemical research. 2017; 50 (4): 1059-68.
Jin J., Vaud S., Zhelkovsky A.M., Posfai J., McReynolds L.A. Sensitive and specific miRNA detection method using SplintR Ligase. Nucleic acids research. 2016; 44 (13): e116.
Ma F., Liu M., Tang B., Zhang C.Y. Sensitive Quantification of MicroRNAs by Isothermal Helicase-Dependent Amplification. Analytical chemistry. 2017; 89 (11): 6182-7.
Ibberson D., Benes V., Muckenthaler M.U., Castoldi M. RNA degradation compromises the reliability of microRNA expression profiling. BMC biotechnology. 2009; 9: 102.
Tong L., Xue H., Xiong L., Xiao J., Zhou Y. Improved RT-PCR Assay to Quantitate the Pri-, Pre-, and Mature microRNAs with Higher Efficiency and Accuracy. Molecular biotechnology. 2015; 57 (10): 939-46.
Chen C., Ridzon D.A., Broomer A.J., Zhou Z., Lee D.H., Nguyen J.T. et al. Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR. Nucleic acids research. 2005; 33 (20): e179.
Varkonyi-Gasic E., Hellens R.P. Quantitative stem-loop RT-PCR for detection of microRNAs. Methods in molecular biology. 2011; 744: 145-57.
Balcells I., Cirera S., Busk P.K. Specific and sensitive quantitative RT-PCR of miRNAs with DNA primers. BMC biotechnology. 2011; 11: 70.
Mei Q., Li X., Meng Y., Wu Z., Guo M., Zhao Y. et al. A facile and specific assay for quantifying microRNA by an optimized RT-qPCR approach. PloS one. 2012; 7 (10): e46890.
Benes V., Collier P., Kordes C., Stolte J., Rausch T., Muckentaler M.U. et al. Identification of cytokine-induced modulation of microRNA expression and secretion as measured by a novel microRNA specific qPCR assay. Scientific reports. 2015; 5: 11590.
Androvic P., Valihrach L., Elling J., Sjoback R., Kubista M. Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Nucleic acids research. 2017; 45 (15): e144.
von Kleist S., Chany E., Burtin P., King M., Fogh J. Immunohistology of the antigenic pattern of a continuous cell line from a human colon tumor. Journal of the National Cancer Institute. 1975; 55 (3): 555-60.
Hill S.M., Rodgers C.S., Hulten M.A., Wilson A.P. Cytogenetics of a cell line derived from an ovarian papillary serous cystadenocarcinoma. Cancer genetics and cytogenetics. 1984; 12 (4): 321-7.
Колесников Н.Н., Титов С.Е., Веряскина Ю.А., Владимирова А.В., Самсонов Р.Б., Артемьева А.С. и др. Повышение точности и информативности тонкоигольной аспирационной пункционной биопсии опухолей молочной железы путем анализа микроРНКвматериале цитологического мазка. Успехи молекулярной онкологии. 2016; 3 (1): 44-52